우리 회사 초기 적자는 언제 시작한 해에 났느냐로 공제 기간이 갈립니다

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한 해 공제액에는 회사에 따라 다른 한도가 있고 신고하지 않은 해의 결손금은 그대로는 공제 대상이 아닙니다

스타트업 법인의 초기 적자는 이월결손금으로 넘어가 결손이 난 사업연도가 공제받는 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시했으면 이후 법인세 과세표준에서 공제됩니다. 다만 2009년부터 2019년 사이에 개시한 사업연도의 결손금은 10년입니다.

세 가지를 먼저 적겠습니다. 한 해 공제액은 중소기업 등은 그 해 소득의 100%, 그 밖의 법인은 80%까지입니다. 오래된 결손금부터 차례로 공제합니다. 신고를 건너뛴 해의 결손금은 그대로는 공제 대상이 아니고 추계로 결정·경정된 해에는 원칙적으로 공제하지 않습니다.

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초기 적자는 몇 년 안에 이후 이익에서 공제받을 수 있나요?

결손이 난 사업연도가 공제받는 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시했어야 합니다. 2009년 1월 1일 이후 2020년 1월 1일 전에 개시한 사업연도의 결손금은 10년입니다.

법인세법 제13조 제1항 제1호는 이월결손금 중 가목과 나목의 요건을 모두 갖춘 금액을 공제합니다. 가목은 이 기간을, 나목은 신고·결정·경정·수정신고된 과세표준에 포함된 결손금일 것을 요구합니다.

15년과 10년의 구분은 법률 제17652호 부칙 제4조·제15조가, 10년의 시작은 법률 제9267호 부칙 제3조가 정합니다. 기간은 사업연도의 개수가 아니라 두 사업연도 개시일 사이의 간격으로 계산합니다.

결손금마다 기간이 다릅니다
12월 결산 법인이면 2019 사업연도 결손금은 10년, 2020 사업연도 결손금은 15년입니다. 2019년 7월 1일에 개시한 사업연도는 2020년에 끝났어도 10년입니다.

기간 안의 결손금이라도 한 해에 공제할 수 있는 금액에는 한도가 있습니다.

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흑자가 난 해의 소득 전부를 결손금으로 공제할 수 있나요?

중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 그 해 각 사업연도 소득의 100%까지 공제합니다. 그 밖의 법인은 80%까지이고 남은 결손금은 기간 안에서 다음 사업연도로 넘어갑니다.

제13조 제1항 단서가 한도를 100분의 80으로 정하고 괄호에서 「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 중소기업과 법인세법 시행령 제10조 제1항 각 호의 법인을 100분의 100으로 정합니다. 80%는 2023년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다(법률 제19193호 부칙 제2조).

공제는 「각 사업연도의 소득의 범위에서」 이루어지므로 과세표준이 0원 아래로 내려가지 않습니다. 결손금이 여러 해분이면 공제 순서도 조문이 정합니다.

일렬로 세운 도미노

결손금이 여러 해에 걸쳐 있으면 어느 해의 것부터 공제하나요?

먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례대로 공제합니다(시행령 제10조 제2항). 법인이 공제할 연도를 고르거나 미뤄 둘 수 있다는 문언은 없습니다.

그래서 80% 한도가 걸리는 법인은 나중에 발생한 결손금이 남습니다.

같은 조 제3항은 법인세법 제72조 제1항 등에 따라 공제받은 결손금 등을 공제된 것으로 봅니다. 직전 사업연도 법인세를 환급받는 소급공제는 별개의 제도이고 환급에 쓴 결손금은 잔액에서 빠집니다.

흑자 전환 첫 해의 공제 순서와 한도
전제12월 결산, 2026 사업연도 소득 3억원, 감면·세액공제 없음, 법인세법 제60조의2 제1항 제1호 법인 아님
결손금(기한 내 신고)2023년 1억원, 2024년 2억원, 2025년 5천만원
결손금이 없다면법인세 2,000만원 + 1억원 × 20% = 4,000만원, 법인지방소득세 400만원
중소기업(100%)2023년분 → 2024년분 순으로 3억원 공제, 과세표준 0원
그 밖의 법인(80%)2억 4천만원 공제, 과세표준 6천만원 × 10% = 600만원, 법인지방소득세 60만원
남는 결손금중소기업 5천만원, 그 밖의 법인 1억 1천만원
세율2026년 1월 1일 이후 개시 사업연도분(법인세법 법률 제21217호 부칙 제5조, 지방세법 법률 제21308호 부칙 제11조)
줄어드는 세액(지방소득세 포함)중소기업 4,400만원, 그 밖의 법인 3,740만원
사업연도별 결손금 잔액과 공제 기간을 확인하십시오. 대해회계사무소가 흑자 전환 첫 해의 세액을 계산해 드립니다.

다만 결손이 난 해를 신고하지 않았다면 사정이 다릅니다.

오래된 타자기 자판

적자라서 법인세 신고를 하지 않은 해의 결손금도 공제되나요?

그 상태로는 공제 대상이 아닙니다. 나목이 신고·결정·경정·수정신고된 과세표준에 포함된 결손금을 요구하기 때문입니다.

법인세법 제60조 제3항은 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인에도 신고 의무를 적용합니다. 같은 조 제5항 본문은 제2항 제1호의 재무상태표 등과 제2호의 세무조정계산서를 첨부하지 않은 신고를 이 법에 따른 신고로 보지 않습니다.

법인의 무신고가산세는 부정행위가 아니면 무신고납부세액의 20%와 수입금액의 1만분의 7 중 큰 금액이라 낼 세액이 없어도 생길 수 있습니다(국세기본법 제47조의2 제1항 제2호, 제2항 제1호 나목).

기한후신고는 세무서장이 결정하여 통지하기 전까지 할 수 있습니다(같은 법 제45조의3 제1항). 그 신고에 따라 세무서장이 결정한 과세표준에 결손금이 포함되는지를 확인하셔야 합니다(같은 조 제3항).

적자인 해에는 낼 세금이 없으니 신고를 미뤄도 된다고 여기시기 쉽습니다. 그 해 결손금은 신고나 세무서의 결정·경정을 거친 과세표준에 들어 있어야 공제 대상이 됩니다. 기한을 놓치셨다면 결정 통지 전에 기한후신고를 검토하십시오.
– 대해회계사무소

신고를 했더라도 장부로 소득금액을 계산할 수 없으면 세무서가 추계로 결정·경정할 수 있습니다.

나무 탁자 위의 빈 공책

장부가 없어 세무서가 추계로 결정한 해에는 결손금이 어떻게 되나요?

그 해에는 이월결손금을 공제하지 않습니다(법인세법 제68조 본문). 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 추계하는 경우만 예외입니다(같은 조 단서).

적자가 난 해 자체가 기준경비율 방식(시행령 제104조 제2항 제1호)으로 추계되면 공제할 금액이 사업수입금액을 넘는 부분을 없는 것으로 보므로 그 해 결손금이 남지 않습니다. 같은 항 제2호와 제3호의 방식은 결손에 대해 따로 정하지 않습니다.

추계 연도에 공제 기간을 멈추거나 늘리는 규정은 없습니다. 마지막으로 공제할 결손금의 금액을 무엇으로 확인하는지 보겠습니다.

흑자 전환 첫 해에 공제할 결손금은 무엇으로 확인하나요?

손익계산서의 당기순손실이 아니라 세무조정을 거친 세법상 결손금으로 확인합니다. 결손금은 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 금액입니다(제14조 제2항).

장부상 비용이라도 손금에 산입되지 않는 금액은 결손금에서 빠집니다. 법인세와 가산세, 벌금과 과태료가 그 예이고(제21조 제1호·제3호) 기업업무추진비의 한도 초과액도 같습니다(제25조 제4항). 잔액은 신고서에 첨부한 세무조정계산서에서 확인하십시오.

아래 순서로 점검하시면 됩니다.

순서 확인할 질문 예라면 아니오라면
1 당기순손실을 결손금으로 보았는가 세무조정계산서의 결손금으로 판정 그 금액으로 다음 행
2 결손 연도를 신고하지 않았거나 신고로 보지 않는가 그대로는 공제 대상 아님, 결정 통지 전 기한후신고 나목 충족, 단 기준경비율 추계 연도는 결손 없음
3 결손 사업연도가 2020년 1월 1일 전에 개시했는가 10년 이내 개시분(2009년 이후 개시) 15년 이내 개시분
4 공제할 해가 추계로 결정·경정됐는가 그 해 공제 배제(천재지변 등 멸실은 예외) 다음 행으로
5 중소기업이거나 시행령 제10조① 법인인가 그 해 소득의 100%까지 공제 80%까지 공제, 남은 금액은 이월

순서도로 옮기면 다음과 같습니다.

당기순손실을 결손금으로 보았는가?
예
세무조정계산서의 결손금으로 다시 판정
아니오
결손 연도를 신고하지 않았거나 재무상태표 등과 세무조정계산서를 첨부하지 않아 신고로 보지 않는가?
예
그대로는 공제 대상이 아니므로 결정 통지 전에 기한후신고를 검토
아니오
결손 사업연도가 2020년 1월 1일 전에 개시했는가?
예
10년 이내 개시분만 공제 대상(2009년 이후 개시분)
아니오
공제할 해가 추계로 결정·경정됐는가?
예
그 해 공제 배제, 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 추계는 예외
아니오
중소기업이거나 시행령 제10조 제1항 각 호의 법인인가?
예
그 해 소득의 100%까지 공제
아니오
80%까지 공제, 남은 금액은 기간 안에서 이월

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

이 글의 근거
법인세법 제13조(과세표준) 제1항 각 호 외의 부분 본문·단서, 제1호 가목·나목, 제2항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제13조 법인세법(법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 제1항 제1호 가목 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제13조 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) 제1항·제2항·제3항 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제14조 법인세법 제18조(평가이익 등의 익금불산입) 제6호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제18조 법인세법 제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 제1호·제3호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제21조 법인세법 제25조(기업업무추진비의 손금불산입) 제4항 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제25조 법인세법 제55조(세율) 제1항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제55조 법인세법 제60조의2(성실신고확인서 제출) 제1항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제60조의2 법인세법 제60조(과세표준 등의 신고) 제1항, 제2항 제1호·제2호, 제3항, 제5항 본문 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제60조 법인세법 제66조(결정 및 경정) 제1항, 제3항 단서 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제66조 법인세법 제68조(추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례) 본문·단서 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제68조 법인세법 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제72조 법인세법 부칙(법률 제9267호, 2008. 12. 26. 공포) 제3조(이월결손금 공제에 관한 적용례) | https://www.law.go.kr/법령/법인세법 법인세법 부칙(법률 제17652호, 2020. 12. 22. 공포) 제4조(이월결손금 공제에 관한 적용례)·제15조(이월결손금 공제에 관한 경과조치) | https://www.law.go.kr/법령/법인세법 법인세법 부칙(법률 제19193호, 2022. 12. 31. 공포) 제2조(일반적 적용례) | https://www.law.go.kr/법령/법인세법 법인세법 부칙(법률 제21217호, 2025. 12. 23. 공포) 제5조(세율에 관한 적용례) | https://www.law.go.kr/법령/법인세법 법인세법 시행령 제10조(결손금공제) 제1항 각 호, 제2항, 제3항 제2호·제3호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법시행령/제10조 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정) 제1항, 제2항 제1호·제2호·제3호 | https://www.law.go.kr/법령/법인세법시행령/제104조 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) 제1항, 제2항 제1호, 제3항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제26조의2 국세기본법 제45조(수정신고) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) 제1항 제2호 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조의2 국세기본법 제45조의3(기한 후 신고) 제1항·제3항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조의3 국세기본법 제47조의2(무신고가산세) 제1항 제2호, 제2항 제1호 나목 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제47조의2 국세기본법 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) 제2항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제85조의3 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법/제6조 조세특례제한법 시행령 제2조(중소기업의 범위) 제1항·제2항 | https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법시행령/제2조 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제34992호, 2024. 11. 12. 공포) 제2조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) | https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법시행령 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제35347호, 2025. 2. 28. 공포) 제2조(중소기업 및 중견기업의 범위에 관한 적용례 등) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법시행령 지방세법 제103조의19(과세표준) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/지방세법/제103조의19 지방세법 제103조의20(세율) 제1항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/지방세법/제103조의20 지방세법 부칙(법률 제21308호, 2025. 12. 31. 공포) 제11조(법인지방소득세 세율에 관한 적용례) | https://www.law.go.kr/법령/지방세법

자주 묻는 질문

이월결손금을 공제하면 법인지방소득세도 함께 줄어드나요?
줄어듭니다. 지방세법 제103조의19 제1항은 법인지방소득세 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세 과세표준과 동일한 금액으로 정합니다. 이월결손금 공제로 법인세 과세표준이 줄면 법인지방소득세 과세표준도 같은 금액이 됩니다. 조세특례제한법 등에 따른 조세특례가 과세표준 산정에 적용되면 그에 따라 계산한 법인세 과세표준을 씁니다.
결손금을 실제보다 적게 신고했다면 바로잡을 수 있나요?
기한 내에 신고했거나 기한후신고를 한 법인은 경정을 청구할 수 있습니다. 신고서에 적은 결손금액이 세법에 따라 신고해야 할 결손금액에 미치지 못하는 경우가 대상이고 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내입니다(국세기본법 제45조의2 제1항 제2호). 결손이 난 사업연도를 신고하지 않은 법인은 같은 조 제1항에 따라 청구할 수 있는 자에 들지 않습니다. 세무서장이 결정하여 통지하기 전까지는 기한후신고를 할 수 있으므로 그 신고부터 검토하십시오(같은 법 제45조의3 제1항).
오래된 결손금을 공제받으면 결손이 난 해의 장부는 언제까지 보관해야 하나요?
결손 연도의 부과제척기간(국세기본법 제26조의2 제1항이나 제2항 제1호의 기간)이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후에 그 결손금을 공제했다면 공제한 사업연도의 법정신고기한으로부터 1년이 되는 날까지입니다. 같은 조 제3항이 결손 연도의 부과제척기간을, 제85조의3 제2항 단서가 장부와 증거서류의 보존기간을 그날까지로 정합니다. 결손금이 남아 있으면 5년이 지나도 결손 연도 장부를 보관하십시오.
중소기업확인서가 있으면 결손금을 100%까지 공제받나요?
확인서만으로 정해지지 않습니다. 100% 한도의 중소기업은 조세특례제한법 제6조 제1항에 따른 중소기업이고 범위는 같은 법 시행령 제2조가 정합니다. 매출액이 업종별 기준 이내일 것, 부동산임대업(2025년 2월 28일 이후 개시하는 과세연도부터)이나 소비성서비스업을 주된 사업으로 하지 않을 것 등 요건을 모두 갖추어야 하고 자산총액이 5천억원 이상이면 제외됩니다. 다만 매출액이 업종별 기준을 넘거나 자산총액이 5천억원 이상이 되는 등 규모가 커져 요건에서 벗어난 중소기업도 유예기간이 있습니다. 그 사유가 처음 생긴 과세연도와 그다음 5개 과세연도(일정 시점에 유가증권시장이나 코스닥시장에 상장돼 있으면 7개)까지는 중소기업으로 봅니다(같은 조 제2항). 5개·7개는 2024년 11월 12일이 속하는 과세연도나 그 뒤에 사유가 처음 생긴 경우부터 적용됩니다(대통령령 제34992호 부칙 제2조). 그보다 앞선 과세연도에 사유가 생겼으면 종전 규정대로 그다음 3개 과세연도까지입니다. 12월 결산 법인이 2022 사업연도에 처음 기준을 넘었다면 2025 사업연도까지입니다. 「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병한 경우, 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도의 매출액이 업종별 기준을 넘은 경우 등에는 이 유예가 적용되지 않습니다.