12억 넘겨 파신 한 채, 비과세는 통째로 사라지지 않습니다

• 2026.3.22.
• 부동산사업자 세무

과세되는 차익은 넘긴 비율로 줄어들고 거주가 짧으면 공제가 한 단계 내려갑니다

살던 집 한 채를 12억원 넘게 파시면 두 가지 오해가 함께 따라옵니다. 비과세가 통째로 사라진다는 쪽과, 12억원까지는 무조건 빠진다는 쪽입니다. 둘 다 실제와 다릅니다.

과세되는 것은 넘긴 금액이 아니라 넘긴 비율입니다. 그리고 세금의 크기를 실제로 가르는 것은 12억원이 아니라 거주기간입니다.

12억원을 넘으면 비과세가 전부 사라지나요?

12억원 때문에 사라지지는 않습니다. 넘긴 비율만큼만 과세됩니다.

소득세법 제89조 제1항 제3호는 1세대 1주택의 양도소득을 비과세하면서 고가주택을 제외합니다. 고가주택은 주택과 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액 합계액이 12억원을 초과하는 주택입니다. 기준이 양도차익이 아니라 양도가액이라는 점이 첫 갈림길입니다.

조문이 「12억원을 초과하는」이라고 적으니 양도가액이 정확히 12억원이면 고가주택이 아닙니다. 다만 비과세 자체는 별도의 요건을 탑니다. 시행령 제154조 제1항은 보유 2년을 요구하고 취득 당시에 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 거주 2년까지 요구합니다. 이 요건을 못 채우시면 12억원 안분을 꺼낼 자리 없이 양도차익 전액이 과세되는 것이 원칙입니다.

과세되는 양도차익은 어떻게 계산하나요?

전체 양도차익에 12억원 초과분이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱합니다.

앞의 비과세 요건을 갖춘 1세대 1주택이라는 전제 위에서만 이 산식이 작동합니다. 시행령 제160조 제1항 제1호의 산식입니다. 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액. 제2호는 장기보유특별공제액에도 같은 비율을 곱하도록 정합니다.

12억원을 조금 넘긴 경우에는 세금이 아예 나오지 않기도 합니다. 양도가액 12억 1,000만원에 취득가액 6억원이면(보유 10년 · 거주 10년) 과세비율이 약 0.83%에 그쳐 과세 양도차익이 약 504만원입니다. 여기서 표2 공제 80%를 빼면 양도소득금액이 약 101만원이라 기본공제 250만원에 못 미칩니다. 과세표준이 0원이 됩니다. 다만 보유나 거주가 짧아 공제율이 낮으면 이 결론이 뒤집힙니다. 또 세액이 0원이어도 고가주택은 과세대상이라 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하셔야 합니다. 소득세법 제105조 제3항이 양도차익이 없는 경우에도 신고하도록 정합니다.

장기보유특별공제 표2는 누가 쓸 수 있나요?

양도일 현재 1주택(1세대 1주택으로 보는 주택 포함)이면서 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.

시행령 제159조의4가 요건을 정합니다. 조정대상지역이든 아니든 표2를 쓰시려면 거주 2년이 필요합니다. 여기서 「1주택」에는 제155조 등에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택이 괄호로 포함됩니다. 일시적 2주택으로 종전주택을 파시는 분도 표2를 쓰실 수 있습니다.

표2는 두 축을 더합니다. 보유기간별 공제율은 3년 이상 4년 미만 12%에서 시작해 1년마다 4%p씩 올라 10년 이상 40%가 상한입니다. 거주기간별 공제율은 2년 이상 3년 미만 8%에서 시작해 3년 이상부터는 보유 쪽과 같은 12%에서 40%까지이고 둘을 합한 최대치가 80%입니다.

보유기간이 3년 미만이면 표1에도 표2에도 해당하는 칸이 없습니다. 거주를 아무리 오래 하셨어도 공제율이 0%입니다.

거주를 못 했으면 공제가 사라지나요?

사라지지 않고 표1로 내려갑니다.

비과세 요건과 표2 요건은 위임 조문이 다릅니다. 시행령 제154조 제1항은 비과세를 보유 2년으로 정하고 거주 2년은 취득 당시에 조정대상지역에 있던 주택일 때만 더합니다. 반면 표2를 정한 제159조의4에는 그 지역 조건이 없습니다.

비조정대상지역 주택이라 거주 없이도 12억원까지 비과세를 받는 분이, 12억원 초과분에 대해서는 표2를 쓰지 못하고 표1만 적용받습니다. 표1은 3년 이상 4년 미만 6%에서 1년마다 2%p씩 올라 15년 이상 30%가 상한입니다. 반대로 조정대상지역에서 취득해 거주 2년을 못 채우셨다면 원칙적으로 비과세 자체가 없습니다. 다만 보유 3년 이상이면 표1은 그대로 적용됩니다.

12억원이라는 숫자에 시선이 쏠리지만 실제로 세액을 몇 배로 벌리는 것은 거주기간입니다. 파실 시점을 조정하실 수 있다면 12억원 언저리를 맞추는 것보다 거주 2년과 보유 3년을 채우는 쪽이 결과가 큽니다.

– 대해회계사무소

거주 2년은 무엇으로 재나요?

표2에 대해서는 조문이 산정방법을 정하지 않았습니다.

거주기간의 산정방법을 정한 항은 시행령 제154조 제6항 하나뿐입니다. 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지인데 그 문언이 적용 대상을 「제1항에 따른」 거주기간, 곧 비과세 요건으로 스스로 한정합니다. 표2 요건을 정한 제159조의4는 이 항을 준용한다는 문구를 두고 있지 않습니다.

같은 이유로 제154조 제8항의 통산 규정도 「제1항에 따른」 거주기간에 걸립니다.

다만 공동상속주택이면 제159조의4 후단에 따라 그 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 판단합니다.

상가를 낀 집이나 지분 일부는 어떻게 판정하나요?

판정 단계와 계산 단계가 서로 다른 조문을 탑니다.

겸용주택의 12억원 판정은 시행령 제156조 제2항이 맡습니다. 이 항은 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분의 실지거래가액을 포함하라고 적습니다. 그래서 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면 본문이 적용되어 전부가 주택이 되고 상가 부분 가액까지 합해 12억원을 따집니다. 반대로 주택 연면적이 작거나 같으면 단서가 적용되어 주택 부분과 그에 딸린 토지 가액만 봅니다.

계산 단계는 다릅니다. 시행령 제160조 제1항 괄호는 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합된 경우 주택 외의 부분을 주택으로 보지 않는다고 못 박습니다. 판정에서 상가를 합산하셨더라도 12억원 안분 산식에는 상가가 들어가지 않습니다. 혜택이 아니라 그 반대입니다. 상가 부분의 양도차익은 비과세도 안분도 받지 못하고 전액 과세됩니다.

지분 일부를 넘기실 때는 제156조 제1항이 걸립니다. 실지거래가액 합계액을 양도하는 부분의 면적이 전체 주택면적에서 차지하는 비율로 나눠 환산한 금액으로 12억원을 판정하고 그 면적에는 타인 소유부분도 포함합니다. 받으신 돈이 12억원 이하라도 고가주택이 될 수 있습니다.

12억 넘는 한 채, 이렇게 계산하십시오

무엇을 얼마에 넘기는지로 고가주택 여부를 가르고 비과세 요건을 본 뒤 보유와 거주로 공제율을 정하시면 됩니다.

⚠ 셋째 행과 여섯째 행이 세액을 가장 크게 가릅니다.

⚠ 셋째 행의 비과세 요건은 보유 2년이고 취득 당시 조정대상지역 주택이면 거주 2년이 더 붙습니다.

⚠ 부수토지가 시행령 제154조 제7항의 배율 면적을 넘으면 초과분은 양도가액이 12억원 이하여도 과세됩니다.

⚠ 미등기양도자산과 중과 대상 주택은 장기보유특별공제 대상에서 아예 빠져 표1도 표2도 쓰지 못합니다.

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

장기보유특별공제의 보유기간은 언제부터 세나요?

소득세법 제95조 제4항이 취득일부터 양도일까지로 정합니다. 단서의 예외는 둘뿐입니다. 배우자나 직계존비속에게 증여받은 자산의 이월과세가 적용되면 증여자의 취득일부터 세고, 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산은 피상속인의 취득일부터 셉니다. 다만 이월과세를 적용하면 1세대 1주택(비과세 대상에서 제외되는 고가주택을 포함합니다)의 양도가 되는 경우에는 제97조의2 제2항 제2호가 이월과세 자체를 배제하므로 이 칼럼이 다루는 사안에서는 앞의 예외가 작동하지 않습니다.

매매계약을 맺은 뒤 상가로 용도를 바꿔 넘기면 판정 시점이 언제인가요?

매매계약일입니다. 시행령 제159조의4는 표2 적용 여부를 양도일 현재로 판단하도록 하면서, 주택의 매매계약을 체결한 후 그 계약에 따라 주택 외의 용도로 변경해 양도하는 경우에는 매매계약일을 기준으로 하라고 괄호로 정해 두었습니다. 비과세 요건을 정한 제154조 제1항에도 같은 괄호가 있습니다.

양도소득 기본공제는 얼마나 빼 주나요?

소득세법 제103조 제1항 제1호에 따라 부동산 등 소득별로 연 250만원입니다. 장기보유특별공제를 뺀 양도소득금액에서 다시 빼는 순서입니다. 미등기양도자산에는 적용되지 않습니다.

주택이 아니던 건물을 주거용으로 바꿔 쓰다 팔면 공제율이 어떻게 되나요?

표2 요건, 곧 양도일 현재 1주택과 보유기간 중 거주 2년을 갖춘 경우에만 기간을 나눠 계산합니다. 소득세법 제95조 제5항 제1호는 비주택으로 보유한 기간에 표1을, 주택으로 보유한 기간에 표2를 적용해 더하되 보유기간별 공제율이 40%를 넘으면 40%로 자르도록 정합니다. 제2호는 여기에 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간에 대한 표2 거주기간별 공제율을 더하도록 정하고 40% 상한은 보유기간 쪽에만 걸립니다. 주택으로 보유한 기간의 기산일은 사실상 주거용으로 사용한 날이고, 그 날이 불분명하면 공부상 용도를 주택으로 변경한 날입니다. 표2 요건을 못 채우면 제5항이 적용되지 않고 표1만 씁니다.

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