- 2026.3.19.
- 병원,약국 세무
의원급에는 보험 진료 비율과 소득 문턱이 걸리고 조건을 더 갖추면 감면율이 올라갑니다
「의원은 중소기업 특별세액감면을 못 받는다」는 말을 들으셨을 수 있습니다. 지금은 조문이 다릅니다. 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목이 「의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업」을 감면 업종에 넣고 있습니다.
다만 의원·치과의원·한의원에만 조건이 둘 더 붙습니다. 그리고 병원급에는 그 조건이 아예 붙지 않습니다.
의원도 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있나요?
받을 수 있습니다. 다만 이 두 조건 뒤에도 규모와 절차가 남습니다.
허목은 의료기관 운영업을 감면 업종으로 적은 다음, 대괄호를 열어 이렇게 좁힙니다. 의원·치과의원·한의원은 해당 과세연도의 수입금액에서 국민건강보험법 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상으로서 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에 한정한다. 「으로서」로 이어져 있으니 둘 다 채워야 합니다. 「100분의 80 이상」이므로 정확히 80.00%도 충족입니다.
한때는 「못 받는다」가 옳았습니다. 2016년 10월 4일 시행 조문까지 허목은 「의원·치과의원 및 한의원은 제외한다」로 의원급을 빼 두었고 2017년 1월 1일 시행 조문부터 조건부 포함으로 바뀌었습니다. 오래된 설명이 도는 이유입니다.
요양급여비용 80%는 무엇을 무엇으로 나눈 비율인가요?
분모는 법이 정한 매출 전체이고 분자는 공단 입금액이 아니라 심사로 결정된 총액입니다.
허목은 분모를 괄호로 못 박습니다. 「수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)」. 그러니 비급여 진료비도, 미용 시술 매출도 분모에 전부 들어갑니다.
분자는 사정이 다릅니다. 허목은 「국민건강보험법 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용」이라고만 적는데 그 법은 같은 말을 두 크기로 씁니다. 제45조 제1항은 계약으로 정하는 수가를 요양급여비용이라 부르고 제47조 제3항은 공단이 요양기관에 지급하는 금액도 요양급여비용이라 부릅니다. 제47조 어디에도 총액에서 본인일부부담금을 빼고 지급한다는 문장은 없습니다.
종합소득금액 1억원은 진료로 번 돈만 따지나요?
아닙니다. 다른 소득이 전부 합쳐집니다.
소득세법 제14조 제2항은 종합소득금액을 이자·배당·사업·근로·연금·기타소득금액의 합계액으로 정합니다. 강연료나 자문료, 본인 명의 임대소득이 얹혀 1억원을 넘으면 요양급여 비율을 맞추셔도 그해는 대상이 아닙니다.
같은 1억원이 제7조 안에 두 번 나오는데 효과가 다릅니다. 허목의 1억원은 감면 대상에 들어오느냐를 가르는 문턱이고 제2항 제2호의 1억원은 이미 대상인 분의 감면율을 올려 주는 조건입니다. 같은 숫자라고 같은 자리에 쓰시면 판정이 어긋납니다.– 대해회계사무소
병원과 치과병원은 왜 이 두 조건을 따지지 않나요?
대괄호가 의원급 세 종류에만 걸려 있기 때문입니다.
의료법 제3조 제2항은 의료기관의 종류를 세 묶음으로 한정해 열거합니다. 의원급은 의원·치과의원·한의원, 조산원이 따로 있고 병원급은 병원·치과병원·한방병원·요양병원·정신병원·종합병원입니다. 허목의 대괄호는 이 중 의원급 세 종류만 부릅니다. 병원급과 조산원은 이 두 요건 없이 감면 업종에 들어갑니다.
같은 항은 주로 외래환자를 보는지 입원환자를 보는지로 종류를 정의하지만 실제 판정은 그 정의에 따라 개설신고·개설허가로 확정된 개설 종별을 봅니다. 참고로 치과병원과 정신병원에는 병상 요건이 없는데 이유가 다릅니다. 치과병원은 제3조의2의 「병원등」에 들어가되 30병상 요건이 「병원·한방병원만 해당한다」로 좁혀져 있고 정신병원은 그 열거에 애초에 들어 있지 않습니다.
감면율 10%는 어디서 11%가 되나요?
세 요건을 함께 갖추면 10%에 110%를 곱해 11%가 됩니다.
감면율 조문에서 의료업은 도매 및 소매업과 함께 「도매업등」으로 묶입니다. 소기업이 의료업을 하는 사업장은 제1항 제2호 가목의 100분의 10입니다. 가목에는 수도권 여부가 없으니 서울의 소기업 의원도 같은 10%입니다. 중기업은 라목 하나뿐이고 수도권 밖으로 한정되어 100분의 5입니다. 수도권에서 의료업을 하는 중기업에 걸리는 목은 가목부터 바목까지 어디에도 없어 감면율 자체가 없습니다.
소기업인지는 매출로 가립니다. 중소기업기본법 시행령 별표 3은 보건업 및 사회복지 서비스업의 소기업 기준을 평균매출액등 15억원 이하로, 별표 1은 중소기업 기준을 600억원 이하로 정합니다. 다만 조세특례제한법 시행령 제6조 제4항이 별표 3을 준용하면서 「평균매출액등」을 「매출액」으로 본다고 치환해 두었습니다. 3년 평균이 아니라 그해 매출입니다.
110% 가산은 제2항이 세 가지를 함께 요구합니다. 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영했을 것, 종합소득금액 1억원 이하, 그리고 소득세법 제59조의4 제9항의 성실사업자로서 조세특례제한법 제122조의3 제1항 제2호와 제4호를 갖출 것입니다. 정해진 11%를 주는 것이 아니라 제1항 제2호의 감면 비율에 110%를 곱하므로 5% 경로에서는 5.5%가 됩니다.
감면이 통째로 날아가는 자리는 어디인가요?
신고 기한, 그리고 사업용계좌와 신용카드·현금영수증입니다.
조세특례제한법 제128조가 배제 사유를 따로 열거합니다. 제2항은 무신고로 관할 세무서가 결정하는 경우와 기한 후 신고를 하는 경우 모두 제7조를 적용하지 않는다고 정합니다. 늦게라도 내면 된다는 계산이 통하지 않는 자리입니다. 제4항은 사업용계좌 미신고, 현금영수증가맹점 미가입, 그리고 신용카드 거래 거부나 현금영수증 발급 거부, 사실과 다른 발급이 시행령 제122조 제2항이 정한 횟수·금액에 이른 경우 그 사업장의 그 과세기간을 뺍니다. 문턱은 그해 신고금액 3회 이상 통보에 합계 100만원 이상이거나 5회 이상 통보입니다.
제4항에는 단서가 있는데 적용 범위가 좁습니다. 사업용계좌 미신고와 가맹점 미가입에는 정당한 사유가 있으면 구제가 열리지만 거부나 사실과 다른 발급에는 그 단서가 걸리지 않습니다.
절차도 조문에 적혀 있습니다. 제7조 제4항이 감면신청을 하도록 정하지만 그 누락은 제128조의 배제 열거에 없고 시행령 제6조 제8항이 그 신청서를 과세표준신고와 함께 납세지 관할세무서장에게 제출하라고 정합니다.
의원의 중소기업 특별세액감면, 이렇게 판정하십시오
개설 종별에서 시작해 두 요건, 그다음 규모와 절차 순으로 보시면 됩니다.
⚠ 첫 행은 개설 종별로 갈립니다. 병원급과 조산원은 두 요건만 면제될 뿐 규모·감면율·신고 절차는 똑같이 걸립니다.
| 순서 | 확인할 질문 | 예라면 | 아니오라면 |
|---|---|---|---|
| 1 | 개설 종별이 의원급인가 | 다음 행으로 | 두 요건 건너뛰고 4행 |
| 2 | 요양급여비용이 80% 이상인가 | 다음 행으로 | 그해는 대상 아님 |
| 3 | 종합소득금액이 1억원 이하인가 | 다음 행으로 | 그해는 대상 아님 |
| 4 | 그해 매출이 15억원 이하인가 | 감면율 10% | 중기업은 수도권 밖만 5% |
| 5 | 같은 업종 10년·소득 1억원 이하·성실사업자인가 | 감면율에 110% | 감면율 그대로 |
| 6 | 기한 내에 신고했는가 | 다음 행으로 | 기한 후 신고는 배제 |
| 7 | 감면신청서를 함께 냈는가 | 감면 적용 | 열거엔 없으나 확인 |
⚠ 4행에서 중기업이 되면 수도권은 종별을 가리지 않고 감면이 없습니다. 그리고 의원급의 개설과 변경은 의료법 제33조 제3항의 신고이고 병원급은 제4항의 허가입니다. 시설기준과 지역 수급계획 심사를 거치는 자리이니 세금만 보고 종별을 바꿀 일은 아닙니다.
신고 때 이 감면을 빠뜨리셨다면 나중에 바로잡을 수 있는지는 사안마다 갈립니다. 그 판단만 따로 받아 보시는 편이 낫습니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
