연말정산에서 빠뜨린 공제는 회사를 거치지 않고 직접 청구하실 수 있습니다

세무서 민원실 창구

회사가 폐업했거나 거절했을 때만 되는 것이 아니고, 5년을 세는 출발점도 5월 31일이 아닙니다

연말정산이 끝난 뒤 의료비 영수증이나 기부금 명세를 뒤늦게 찾는 일이 있습니다. 회사에 다시 부탁하지 않으셔도 됩니다. 근로자 본인이 세무서에 직접 경정청구할 수 있습니다.

기한도 넉넉합니다. 다만 5년을 어디서부터 세는지가 종합소득세와 다릅니다.

사무실 문을 나서는 사람

회사에 다시 부탁해야 하나요?

아닙니다. 근로자 본인이 청구 주체가 됩니다.

국세기본법 제45조의2 제5항이 근거입니다. 이 항은 경정청구 규정을 원천징수 관계에 준용하면서 청구 주체를 「원천징수의무자 또는 원천징수대상자」로 바꿔 읽도록 정합니다. 「또는」이므로 회사와 근로자 어느 쪽이든 청구할 수 있고, 회사의 동의나 위임은 조문상 요건이 아닙니다.

회사가 폐업하거나 거절해야 되는 것이 아닙니다
자주 도는 설명인데 조문 구조가 다릅니다. 제5항 후단의 괄호는 비거주자와 외국법인만 청구 주체에서 빼고, 그 뒤의 단서가 「원천징수의무자의 폐업 등」 사유가 있으면 그 제외를 풀어 줍니다. 거주자인 근로자는 애초에 빠져 있지 않으므로 단서를 탈 이유가 없습니다. 청구서 서식의 첨부서류에도 폐업이나 거절을 증명하라는 항목이 없습니다.

다만 전제가 하나 있습니다. 조문이 「연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한」이라고 적습니다. 회사가 제출하지 않았다면 그 제출부터 요청하셔야 합니다. 회사가 폐업해 요청할 상대가 없으면 이 경로가 막힙니다. 폐업 사유로 길이 열리는 대상은 비거주자와 외국법인입니다. 거주자인 근로자는 그때 종합소득세 확정신고나 고충민원을 검토하셔야 합니다.

두 경로가 나뉘는 자리도 권한이 아니라 서류입니다. 의료비·기부금·부양가족처럼 공제란만 빠졌다면 본인이 서류를 갖춰 혼자 내실 수 있습니다. 반면 총급여나 비과세소득처럼 원천징수영수증의 숫자 자체가 틀렸다면 정정분 원천징수영수증이 첨부서류라서 회사의 재발급이 사실상 필요합니다.

탁상 달력에 표시된 날짜

언제까지 청구할 수 있나요?

연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내입니다.

여기가 이 글에서 가장 헷갈리는 자리입니다. 제45조의2 제5항은 같은 조 안에서 「법정신고기한이 지난 후」라는 문구를 「연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후」로 바꿔 읽도록 정합니다. 종합소득세의 5월 31일이 아니라 연말정산세액을 낸 기한이 출발점입니다.

연말정산은 다음 해 2월분 급여를 줄 때 하고 원천징수한 세액은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 냅니다. 그래서 통상 다음 해 3월 10일이 납부기한이 됩니다.

퇴사하신 해는 날짜가 다릅니다. 그해에 퇴사하고 재취업하지 않으셨다면 연말정산이 퇴직하는 달의 급여를 줄 때 끝납니다. 납부기한도 그 다음 달 10일로 앞당겨집니다.

계산 예시: 2025년 귀속 근로소득
「5월 31일부터 5년」으로 알고 계신 분이 많습니다. 실제로는 두 달 반쯤 앞당겨진 날짜에서 시작합니다. 기한이 다 되어 가는 오래된 연도를 챙기실 때는 이 차이가 그대로 결과를 가릅니다.
– 대해회계사무소

법정신고기한 자체가 사라지는 것은 아닙니다. 제5항은 제45조의2 안에서만 문구를 치환할 뿐이라, 근로자의 법정신고기한은 여전히 5월 31일입니다. 부과제척기간이나 환급가산금을 셀 때는 그쪽 날짜가 쓰입니다.

그래서 그해 5월에 종합소득세 확정신고를 하신 근로자라면 출발점이 하나 더 있습니다. 그 신고를 기준으로 5월 31일부터 5년이 따로 열립니다.

5년이 지났더라도 길이 완전히 닫히지는 않습니다. 판결 확정이나 소득 귀속 변경처럼 나중에 생긴 사정이라면 그 사실을 안 날부터 3개월이 따로 열립니다. 제5항이 후발적 사유 조항까지 함께 준용하기 때문입니다.

문이 열린 빈 사물함

퇴사한 회사의 급여도 되나요?

됩니다. 청구 주체가 본인이므로 지금 그 회사에 다니는지는 요건이 아닙니다.

필요한 것은 회사의 협조가 아니라 서류입니다. 퇴직자의 원천징수영수증은 발급기한이 따로 정해져 있고, 중도퇴사자의 지급명세서는 회사가 상시 제출할 수 있어 본인이 홈택스에서 조회하고 출력할 수 있습니다.

퇴직자는 공제 누락이 구조적으로 생깁니다
퇴사하는 달의 급여를 받기 전에 서류를 내야 정산에 반영되는데, 그 시점에는 그해 의료비와 기부금이 아직 확정되지 않았습니다. 공제신고서를 내지 못하면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용됩니다. 퇴사 연도는 한 번 들여다보실 만합니다.
지난 몇 해의 원천징수영수증을 꺼내 공제란부터 확인해 보십시오. 대해회계사무소가 누락 여부와 남은 기한을 함께 짚어 드립니다.
쌓여 있는 우편 봉투

무엇을 어디에 내나요?

경정청구서 한 장과 원천징수영수증, 소득공제신고서입니다.

서식은 국세기본법 시행규칙의 결정·경정청구서이고 작성방법이 청구 주체를 셋으로 나눠 각각의 첨부서류를 정합니다. 거주자인 근로자에게 요구되는 것은 당초분과 정정분 원천징수영수증, 그리고 소득공제신고서입니다. 청구인란은 성명·주민등록번호·주소·전화번호로 되어 있어 혼자 채울 수 있고, 환급받을 계좌도 청구서에 직접 적습니다.

관할은 청구일 현재 본인 주소지 관할 세무서입니다. 조문이 경정청구를 「관할 세무서장」에게 하도록 정하고 거주자의 소득세 납세지를 주소지로 정하기 때문입니다. 다른 세무서에 내면 무효라고 정한 조문은 없지만 처리가 늦어질 수 있습니다.

낸 뒤의 절차도 조문에 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 경정하거나 이유 없다는 뜻을 통지해야 합니다. 2개월이 지나도록 통지가 없으면 그 다음 날부터 불복 절차를 시작할 수 있습니다. 거부 통지를 받으면 안 날부터 90일 이내에 이의신청이나 심사·심판청구를 제기합니다.

직전 해 것이라면 경정청구를 기다리실 필요가 없습니다. 5월 종합소득세 확정신고에 빠진 공제를 넣어 신고하시면 같은 결과를 더 빨리 받으십니다. 경정청구는 그보다 앞선 해를 챙길 때의 길입니다. 실제로 직전 귀속연도의 경정청구 화면은 그해 7월경에야 열리고, 그 전에는 5월 신고 화면을 이용하도록 안내됩니다. 청구권은 납부기한 다음 날부터 살아 있지만 화면이 아직 없을 수 있습니다.

되돌아가는 화살표가 그려진 표지판

반대로 공제를 더 받았다면요?

그때는 경정청구가 아니라 수정신고입니다. 근로자 본인이 주체가 되는 것은 같습니다.

시점에 따라 부담이 갈립니다. 5월 31일까지 종합소득세 확정신고로 바로잡으면 과소신고가산세와 납부지연가산세를 지지 않습니다. 그 기한을 넘긴 뒤의 정정은 수정신고이고 빨리 하실수록 과소신고가산세가 크게 감면됩니다. 다만 감면되는 것은 그 가산세뿐이고 납부지연가산세는 감면되지 않습니다. 경정할 것을 미리 알고 낸 경우도 감면에서 빠집니다.

감면 조문은 대상을 「과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자」로 적습니다. 확정신고를 하지 않은 근로자에게 그대로 적용되는지에는 다툼의 여지가 있으니 금액이 크시다면 먼저 확인하십시오.

연말정산 경정청구, 이렇게 판정하십시오

무엇이 틀렸는지, 기한이 남았는지, 누가 내는지 순으로 보시면 됩니다.

⚠ 5년의 출발점은 5월 31일이 아니라 연말정산세액의 납부기한입니다.

순서 확인할 질문 예라면 아니오라면
1 공제를 덜 받았는가 다음 행으로 과다공제는 아래 문단 참고
2 직전 귀속연도인가 5월 확정신고로 반영 경정청구로 진행
3 납부기한부터 5년 안인가 청구 가능 후발적 사유 3개월 확인
4 회사가 지급명세서를 냈는가 바로 접수 제출부터 요청
5 원천징수영수증 숫자가 맞는가 혼자 낼 수 있음 정정분 재발급 필요
6 2개월 안에 결과 통지가 왔는가 결과에 따라 진행 다음 날부터 불복 가능
공제를 덜 받았는가?
다음 행으로 넘어간다
아니오
직전 귀속연도인가?
5월 확정신고에 반영한다
아니오
납부기한부터 5년 안인가?
청구할 수 있다
아니오
회사가 지급명세서를 냈는가?
바로 접수한다
아니오
원천징수영수증 숫자가 맞는가?
혼자 낼 수 있다
아니오
2개월 안에 결과 통지가 왔는가?
결과에 따라 진행한다
아니오
다음 날부터 불복할 수 있다

⚠ 처리가 늦어진다는 진행상황 통지만 받으신 경우도 여섯째 행의 「아니오」입니다. 조문이 그 통지를 결과 통지에서 빼 두었습니다.

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

이 글의 근거
국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) 제1항·제2항·제3항·제4항·제5항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조의2 국세기본법 제45조(수정신고) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조 국세기본법 제43조(과세표준신고의 관할) | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제43조 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) 제2항 제1호 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제48조 국세기본법 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) 제1항, 제47조의4(납부지연가산세) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법 국세기본법 제52조(국세환급가산금) | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제52조 국세기본법 제55조(불복)·제61조(청구기간)·제68조(청구기간) | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법 국세기본법 제5조(기한의 특례) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제5조 국세기본법 시행령 제25조의3(경정청구) | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행령/제25조의3 국세기본법 시행규칙 제12조의2 및 별지 제16호의2서식(1) — 결정(경정)청구서 및 작성방법 제7호 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행규칙 소득세법 제70조(종합소득과세표준 확정신고) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제70조 소득세법 제6조(납세지) 제1항 — 거주자의 소득세 납세지는 주소지 | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제6조 소득세법 제73조(과세표준확정신고의 예외) 제1항 제1호·제2항 — 2명 이상에게서 근로소득을 받는 자의 확정신고 의무와 그 단서 | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제73조 소득세법 제137조의2(2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람에 대한 근로소득세액의 연말정산), 제138조(재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산) | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제137조의2 국세기본법 제47조의2(무신고가산세) 제1항 — 합산 신고를 하지 않은 경우 | https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제47조의2 소득세법 제128조(원천징수세액의 납부) 제1항·제2항 | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제128조 소득세법 제137조(근로소득세액의 연말정산) 제1항·제3항, 제140조(근로소득자의 소득공제 등 신고) 제1항 | https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제137조 소득세법 제143조(근로소득 원천징수영수증의 발급) / 제164조(지급명세서의 제출) | https://www.law.go.kr/법령/소득세법

자주 묻는 질문

회사가 낸 지급명세서 자체가 틀렸을 때도 제가 청구하나요?
그 경우에도 청구 주체는 근로자 본인일 수 있습니다. 다만 정정분 원천징수영수증이 첨부서류라서 회사의 수정 지급명세서 제출과 재발급이 사실상 먼저 이루어져야 합니다. 의료비·기부금·부양가족처럼 공제란만 빠진 경우에는 본인이 서류를 갖춰 혼자 낼 수 있습니다. 두 경로는 권한이 아니라 갖춰야 할 서류로 갈립니다.
경정청구를 관할이 아닌 세무서에 내면 무효인가요?
무효라고 정한 조문은 없습니다. 다만 조문이 직접 정한 송부·통지 절차는 비거주자나 외국법인 같은 다른 유형을 대상으로 합니다. 근로자가 다른 세무서에 낸 경우가 그대로 들어맞지는 않으니 처리가 늦어질 수 있습니다. 주소지 관할로 내십시오.
환급금에 이자가 붙나요?
국세환급가산금이 가산됩니다. 세무서장의 재량이 아니라 의무로 정해져 있습니다. 다만 경정청구 기한을 넘겨 고충민원으로 돌려받는 경우에는 가산금이 붙지 않습니다. 이율은 시행규칙에서 정하며 자주 개정되므로 신청 시점의 값을 확인하십시오.
두 곳에서 급여를 받았는데 합산 정산을 안 했으면 어떻게 하나요?
그때는 경정청구가 아니라 신고 경로로 갑니다. 근무지가 둘 이상인데 합산해 연말정산하지 않았다면 종합소득세 확정신고 의무자가 됩니다. 합산 신고를 하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 다만 주된 근무지에서 종된 근무지 급여까지 합쳐 연말정산을 받으셨다면 확정신고 의무가 없습니다.