- 2026.3.3.
- 스타트업 세무
설비 보조금은 요건을 갖추면 과세를 미룰 수 있습니다. 연구개발 출연금에도 과세를 미루는 특례가 있습니다
정부에서 받은 창업지원금과 각종 보조금은 법인세법상 익금이어서 받은 사업연도의 법인세 과세 대상입니다. 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익이기 때문입니다. 투자 유치로 들어온 출자금이 자본의 납입으로서 익금에서 제외되는 것과 대비됩니다.
지원받은 돈의 성격과 사용처에 따라 과세를 뒤로 미루는 특례가 있습니다. 다만 어느 특례도 세금을 면제하지 않고 과세 시점을 이연할 뿐입니다. 이 글은 법인을 전제로 하며 개인사업자에게는 소득세법이 적용되어 근거 조문이 다릅니다.
정부에서 받은 지원금에도 법인세가 붙나요?
원칙적으로 익금에 해당하여 받은 사업연도에 법인세가 과세됩니다. 법인세법 제15조 제1항은 자본 또는 출자의 납입과 법에서 규정하는 것을 제외하고 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익을 익금으로 정합니다. 시행령 제11조는 수익에 무상으로 받은 자산의 가액(제5호)과 그 밖에 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액(제11호)을 포함시킵니다. 창업지원금과 고용지원금을 비롯한 각종 지원금은 어느 호로 보든 익금입니다.
귀속시기는 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도입니다(법인세법 제40조 제1항). 지원금을 어느 날에 확정된 것으로 보는지의 개별 규정은 없으므로 지급결정 통지와 실제 수령의 사업연도가 갈리는 경우에는 개별 확인이 필요합니다.
설비 투자에 쓴 국고보조금은 과세를 미룰 수 있나요?
법인세법 제36조의 요건을 갖추면 그 상당액을 손금에 산입하여 과세를 미룰 수 있습니다. 「보조금 관리에 관한 법률」과 「지방재정법」 등 조문이 열거한 법률에 따른 보조금을 지급받아 그 사업연도 종료일까지 사업용자산의 취득·개량에 사용한 경우에 적용됩니다. 자산을 먼저 취득한 뒤 보조금을 사후에 받은 경우도 포함됩니다. 사업용자산은 사업용 유형자산·무형자산과 석유류를 말합니다(시행령 제64조 제1항).
손금산입은 감가상각자산이면 일시상각충당금, 그 외 자산이면 압축기장충당금으로 계상하는 방식입니다. 일시상각충당금은 이후 해당 자산 감가상각비 중 충당금에 상당하는 부분과 상계되고 자산을 처분하면 상계 후 잔액이 처분 사업연도의 익금으로 돌아옵니다. 압축기장충당금은 처분하는 사업연도에 전액 익금산입됩니다. 특례를 적용하려면 신고와 함께 국고보조금등상당액 손금산입조정명세서를 제출하여야 합니다(법 제36조 제5항).
반대로 열거된 법률에 따른 보조금이 아니거나 인건비·경비 보전처럼 자산 취득에 쓰지 않은 지원금은 이 특례의 대상이 아닙니다. 특례는 임의 선택이므로 선택하지 않으면 받은 사업연도에 전액 익금으로 과세됩니다.
지원사업의 정산 보고를 마치면 세무 처리도 끝났다고 생각하시는 경우가 많습니다. 정산과 세무 신고는 별개의 절차이고 특례는 명세서 제출까지 갖추어야 적용됩니다. 협약서에서 교부의 근거 법률과 사용 용도를 확인하는 것이 판정의 출발점입니다.– 대해회계사무소
받은 사업연도에 자산을 사지 못하면 어떻게 되나요?
다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 취득·개량하려는 경우에는 사용하려는 금액을 손금에 산입할 수 있습니다(법인세법 제36조 제2항). 공사의 허가·인가 지연이나 용지 보상 소송 등 시행령 제64조 제7항이 정하는 사유가 있으면 그 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도 종료일까지 기한이 늘어납니다.
기한 내에 사용하지 못하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하면 사용하지 아니한 금액이 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입됩니다(같은 조 제3항).
연구개발 출연금은 익금에서 뺄 수 있나요?
국가 등에서 받은 연구개발 출연금을 구분경리하면 익금에 산입하지 않을 수 있습니다. 조세특례제한법 제10조의2는 2026년 12월 31일까지 국가·지방자치단체와 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관·「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 받는 경우에 적용됩니다. 법인세법 제113조를 준용한 구분경리와 출연금등익금불산입명세서 제출이 요건입니다. 민간 기업에서 받은 출연금이나 연구개발 목적이 아닌 지원금은 대상이 아니고 구분경리하지 않으면 특례를 적용받을 수 없습니다.
익금불산입한 금액은 출연금을 연구개발비로 지출하는 과세연도에 지출액만큼 다시 익금산입됩니다. 같은 시점에 그 지출이 손금이 되므로 서로 상계되어 과세가 이연되는 구조입니다. 연구개발용 감가상각자산을 취득한 경우에는 감가상각비 상당액이 매 과세연도 익금산입되고 처분하면 잔액이 전액 익금산입됩니다.
국가 등의 출연금으로 지출한 연구개발비는 익금불산입 특례의 선택 여부와 관계없이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다(조세특례제한법 시행령 제9조 제1항). 자기 재원으로 지출한 부분만 요건을 갖추면 공제 대상이 됩니다. 공제의 계산은 별도의 글에서 다룹니다.
고용지원금 같은 경비 보전 지원금은 어떻게 되나요?
받은 사업연도의 익금으로 과세되고 과세이연 특례는 적용되지 않습니다. 고용 관련 지원금과 장려금은 사업용자산 취득에 사용하는 보조금이 아니어서 법인세법 제36조의 요건을 충족하지 못합니다. 연구개발 목적의 출연금도 아니므로 조세특례제한법 제10조의2의 대상 역시 아닙니다.
다만 지원금으로 지출한 인건비는 요건을 갖추면 손금입니다. 같은 사업연도에 익금과 손금이 대응되면 순부담이 상쇄되는 구조이므로 실제 세부담은 지출 시기와 함께 살펴야 합니다.
지원금에 부가가치세도 내야 하나요?
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함되지 않습니다(부가가치세법 제29조 제5항 제4호). 창업지원금이나 고용지원금처럼 특정 공급의 대가가 아닌 지원금에는 부가가치세가 붙지 않습니다. 세금계산서 발급의무는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 성립하므로(같은 법 제32조 제1항) 이러한 지원금 수령에는 발급의무가 없습니다.
반면 명칭이 보조금이라도 공급의 대가로 지급되는 금액은 공급가액에 포함됩니다. 국가나 지방자치단체가 발주한 용역의 대가를 보조금 형식으로 받는 경우와 이용자를 대신하여 정부가 대가의 일부를 지급하는 바우처형 사업이 여기에 해당할 수 있습니다.
받은 지원금 과세 판정 순서 정리
| 순서 | 확인할 질문 | 예라면 | 아니오라면 |
|---|---|---|---|
| 1 | 출자나 투자로 받은 자본 납입인가 | 익금 아님, 법인세 과세 없음 | 원칙적으로 받은 사업연도 익금 |
| 2 | 열거 법률의 보조금으로 사업용자산을 취득했나 | 손금산입 선택 시 과세이연 가능 | 받은 사업연도에 익금 과세 |
| 3 | 국가 등의 연구개발 출연금을 구분경리하나 | 익금불산입 선택 가능, 사후 익금산입 | 특례 없이 익금 과세 |
| 4 | 재화·용역 공급의 대가로 받았나 | 부가가치세 공급가액에 포함 | 공급가액에 포함되지 않음 |
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
