원장님, 입금되지 않은 12월 진료비도 진료한 해의 수입입니다

• 2026.3.1.
• 병원,약국 세무

입금된 해에 다시 잡으면 같은 진료비가 두 해에 계상됩니다. 심사 삭감분은 애초에 수입에서 빠집니다

공단에서 아직 입금되지 않은 진료비도 진료를 완료한 해의 수입금액입니다. 소득세법은 총수입금액의 귀속연도를 현금이 들어온 날이 아니라 수입이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 정합니다.

12월 하순의 진료분과 조제분은 청구와 심사를 거쳐 다음 해에 입금되는 일이 많습니다. 이 금액을 입금된 해의 수입으로 잡으면 두 해의 신고가 모두 어긋납니다.

공단부담금은 입금된 날의 수입인가요?

입금된 날이 아니라 수입이 확정된 날이 속하는 해의 수입입니다. 소득세법 제39조 제1항은 총수입금액과 필요경비의 귀속연도를 그 금액이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 정합니다. 권리확정주의라 부르는 원칙입니다. 사업소득의 수입시기는 시행령 제48조가 거래유형별로 정하며 인적용역의 제공은 용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날입니다(제8호). 행정해석은 의료보건용역의 수입시기를 이 규정으로 판단합니다. 공단 청구분은 지급일을 따로 약정하지 않으므로 진료 또는 조제를 완료한 날이 수입시기가 됩니다.

약국도 같은 구조입니다. 약사법에 따라 등록된 약국은 요양기관에 포함되므로(국민건강보험법 제42조 제1항 제2호) 조제분 공단부담금도 같은 판정을 거칩니다. 다만 납세자가 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 법령에 달리 규정된 경우 외에는 그 기준과 관행에 따릅니다(제39조 제5항).

12월 진료분이 다음 해에 입금되면 어느 해의 수입인가요?

청구·심사·입금이 다음 해에 이루어져도 진료용역을 완료한 해의 총수입금액으로 봅니다. 요양기관은 공단에 요양급여비용의 지급을 청구하고 심사평가원의 심사를 거쳐 공단이 지급합니다(국민건강보험법 제47조 제1항부터 제3항까지). 심사평가원은 심사청구를 받은 날부터 40일 이내에 심사하며 정보통신망을 통하여 통보하는 경우에는 15일 이내입니다(시행규칙 제20조 제2항). 요양기관에 자료를 요청한 기간 등은 심사기간에서 제외됩니다. 공단의 지급에는 일수로 정한 기한이 없고 지체 없이 지급하도록 규정되어 있습니다. 절차가 해를 넘겨도 귀속연도는 달라지지 않습니다.

연말 결산에서 자주 만나는 오류가 공단 입금액 기준의 수입 집계입니다. 12월 진료분의 청구 내역과 다음 해 1월의 입금 내역을 나란히 두고 귀속을 갈라 두시면 이듬해 신고에서 이중계상을 걸러내기 쉽습니다.

– 대해회계사무소

본인부담금도 진료한 날의 수입인가요?

본인부담금 역시 진료용역을 완료한 날이 속하는 해의 수입입니다. 요양급여를 받는 사람은 비용의 일부를 본인이 부담합니다(국민건강보험법 제44조 제1항). 진료 시점에 현금이나 카드로 받는 대가이므로 귀속의 기준은 카드매출 대금이 입금된 날이 아니라 진료를 완료한 날입니다. 연말에 결제된 본인부담금의 카드 입금이 다음 해로 넘어가도 공단부담금과 같은 기준으로 판정합니다.

심사에서 삭감된 금액도 수입에 넣어야 하나요?

종합소득세 신고 전에 삭감이 확정되었다면 청구액이 아니라 심사 후 지급하기로 확정된 금액에 본인부담금을 더해 수입금액을 계상합니다. 권리확정주의에서 확정된 권리는 심사를 거쳐 지급하기로 확정된 금액이기 때문입니다(소득세법 제39조 제1항, 국민건강보험법 제47조 제2항·제3항).

삭감분은 애초에 수입금액에서 빠지는 것이지 필요경비로 떨어내는 대손금이 아닙니다. 두 처리를 혼동하면 수입금액과 필요경비가 함께 부풀려집니다.

신고를 마친 뒤에 환수가 확정되면 어느 해에서 빼나요?

차감할 연도에 대한 해석이 갈려 있어 어느 한쪽으로 단정하기 어렵습니다. 국세청 유권해석은 국민건강보험법 제57조에 따라 환수되는 금액을 환수가 확정되는 날이 속하는 과세기간의 총수입금액에서 차감한다고 보았습니다(소득세과-203, 2010. 2. 8.). 반면 조세심판원은 요양급여비용 환수처분 사안에서 당초 진료용역을 제공한 연도의 총수입금액에서 차감하여야 한다며 후발적 경정청구 거부처분을 취소하였습니다(조심2025서2204, 2025. 10. 2.).

당초 연도에서 차감하는 길은 후발적 경정청구로 이어집니다. 후발적 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제2항). 위 심판례는 환수처분 사안에 대한 판단이므로 통상의 심사 삭감에 그대로 일반화하기 어렵습니다. 개별 사안에서 어느 연도에서 차감할지는 검토가 필요합니다.

받을 수 없게 된 진료비 미수금은 필요경비가 되나요?

법령이 정한 대손 사유에 해당할 때에만 대손금으로 필요경비에 산입합니다. 사업소득의 필요경비에는 대손금이 포함되고 그 범위는 법인세법 시행령 제19조의2 제1항의 사유를 준용합니다(소득세법 시행령 제55조 제1항 제16호·제2항). 상법에 따라 소멸시효가 완성된 외상매출금과 미수금, 채무자의 파산·사망·행방불명, 회수기일이 6개월 이상 지난 채무자별 30만원 이하의 소액채권 등이 여기에 해당합니다. 귀속시기는 소멸시효 완성 등 일부 사유는 그 사유가 발생한 날이고 그 밖의 사유는 사유가 발생하여 손비로 계상한 날입니다(소득세법 시행령 제55조 제7항).

단순히 연체 중이거나 회수 노력을 진행하는 미수금은 어느 사유에도 해당하지 않습니다. 이 경우 수입금액에서 빼지도 필요경비에 넣지도 못합니다.

연말 미수 진료비 귀속 판정 순서

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

개원 첫 해인데 미수금까지 장부에 적어야 하나요?

의사업·한의사업·약사업 등은 수입금액과 관계없이 간편장부대상자에서 제외되어 개원 첫 해부터 복식부기의무자입니다(소득세법 시행령 제208조 제5항 단서). 복식부기에서는 연말까지 입금되지 않은 공단부담금을 의료미수금으로 자산에 계상하면서 같은 금액이 수입금액에 반영됩니다.

본인부담금을 할인해 주고 받지 않은 금액도 수입에 넣어야 하나요?

행정해석은 진료비 중 본인부담금을 감면하여 받지 않은 금액을 총수입금액에 산입하지 않는다고 봅니다(소득46011-10093, 2001. 2. 5.). 실제로 받은 대가가 없는 부분이기 때문입니다. 감면 내역은 장부와 증빙으로 확인할 수 있게 남겨 두시기 바랍니다.

전년도 진료분 입금액을 이듬해 수입에 또 계상한 사실을 나중에 알았다면 어떻게 하나요?

후발적 사유가 없어도 일반 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제1항). 이중계상으로 수입금액이 부풀려진 오류가 여기에 해당합니다.

업종마다 수입시기가 다른가요?

소득세법 시행령 제48조는 거래유형별로 수입시기를 달리 정합니다. 금융·보험업에서 발생하는 이자와 할인액에는 실제로 수입된 날을 기준으로 하는 특칙(제10호의3)이 있으나 의료업에는 별도 특칙이 없어 인적용역 제공의 규정(제8호)이 문제됩니다. 다른 업종의 처리를 그대로 가져오면 귀속이 어긋날 수 있습니다.

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