- 2026.2.22.
- 경정청구,세무조사대응
통상 경정청구 기간은 신고기한이 지난 날부터 5년, 후발적 사유는 안 날부터 3개월이 따로 시작됩니다
신고를 마친 뒤, 또는 신고 없이 과세표준·세액의 결정을 받은 뒤에 판결이 확정되거나 계약이 해제되어 세액이 달라졌다면 후발적 경정청구를 검토하셔야 합니다. 국세기본법 제45조의2 제2항은 그 기간을 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월로 정합니다.
세액이 달라진 원인이 신고 당시의 계산에 있는지, 신고 뒤에 생긴 사정에 있는지에 따라 적용되는 기간과 기산점이 달라집니다.
통상 경정청구와 후발적 경정청구는 청구기간이 어떻게 다른가요?
통상 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내이고, 후발적 경정청구는 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내입니다. 제2항은 후발적 사유가 발생하였을 때 "제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고" 청구할 수 있다고 규정합니다.
| 구분 | 근거 조문 | 청구기간과 기산점 |
|---|---|---|
| 통상 경정청구 | 제45조의2 제1항 본문 | 법정신고기한이 지난 후 5년 |
| 증액 결정·경정분 | 제45조의2 제1항 단서 | 처분을 안 날(통지받은 날)부터 3개월, 5년 내 |
| 후발적 경정청구 | 제45조의2 제2항 | 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 |
통상 경정청구는 법정신고기한까지 신고하신 분과 기한후과세표준신고서를 제출하신 분이 하실 수 있습니다. 신고한 세액이 신고하여야 할 금액을 초과하거나 신고한 결손금액·세액공제액·환급세액이 그에 미치지 못하는 경우입니다. 후발적 경정청구는 법정신고기한까지 신고서를 제출하신 분과 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받으신 분이 하실 수 있습니다.
증액 결정·경정분의 3개월은 법정신고기한 후 5년 이내로 한정됩니다. 2024년 12월 31일 공포된 개정(법률 제20611호, 2025년 1월 1일 시행)으로 종전 90일에서 바뀌었습니다. 부칙 제6조 제1항은 시행 당시 처분이 있음을 안 날부터 3개월이 지나지 아니한 경우에도 적용하도록 정하였습니다.
국세기본법이 정한 후발적 사유에는 어떤 것이 있나요?
제45조의2 제2항은 후발적 사유를 다섯 가지로 열거합니다. 그중 제5호는 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유를 시행령에 위임하되, 그 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때로 한정합니다.
제1호는 계산 근거가 된 거래나 행위 등이 심사청구·심판청구, 감사원법에 따른 심사청구의 결정이나 소송의 판결(같은 효력의 화해 등 포함)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때입니다. 제2호는 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정·경정이 있을 때, 제3호는 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정·경정 내용과 다르게 이루어졌을 때입니다. 제4호는 결정·경정으로 연동된 세액이 신고하여야 할 금액을 넘게 된 때입니다. 같은 과세기간의 다른 세목이나 같은 세목의 다른 과세기간이 그 대상입니다.
시행령 제25조의2는 네 가지를 정합니다. 제1호는 거래·행위의 효력과 관계되는 관청의 허가 등 처분이 취소된 경우, 제2호는 그 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사로 해제되거나 계약의 성립 후 생긴 부득이한 사유로 해제·취소된 경우입니다. 제3호는 장부·증거서류의 압수 등으로 세액을 계산할 수 없었다가 그 사유가 소멸한 경우, 제4호는 앞의 세 가지와 유사한 사유입니다. 네 가지 모두 법정신고기한이 지난 후에 발생한 것이어야 합니다. 배당금채권이 채무자의 도산으로 회수불능이 된 사안이 제4호로 인정된 예가 있습니다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결).
상담에서 자주 접하는 경우는 형사재판의 무죄판결만을 근거로 경정청구서를 제출하신 사례입니다. 형사판결로 거래의 사법상 효력이 달라지지는 않습니다. 민사판결이나 화해로 거래가 달리 확정되었는지를 먼저 확인하셔야 합니다.– 대해회계사무소
대법원은 관세법의 후발적 경정청구 사안에서, 형사소송이 거래에 관한 분쟁의 해결을 목적으로 하는 소송이 아니라는 등의 이유로 형사판결은 원칙적으로 후발적 사유인 판결에 해당하지 않는다고 판단하였습니다(대법원 2020. 1. 9. 선고 2018두61888 판결).
계약이 해제되면 후발적 경정청구를 할 수 있나요?
해제권의 행사로 계약이 해제되거나 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제·취소된 경우는 시행령 제25조의2 제2호의 후발적 사유입니다. 대법원도 아파트 분양계약 해제 사안에서 법인세의 경우에도 이러한 계약 해제가 원칙적으로 후발적 경정청구 사유가 된다고 판단하였습니다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결).
다만 제5호는 법정신고기한이 지난 후에 발생한 사유일 것을 요구합니다. 신고기한 전에 해제된 계약은 후발적 사유가 아니라 통상 경정청구로 다투셔야 합니다.
법정신고기한이 지난 지 5년이 넘어도 청구할 수 있나요?
후발적 사유가 발생하였다면 제1항의 5년이나 부과제척기간이 지난 뒤에도 청구하실 수 있습니다. 제2항이 "제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고"라고 정하기 때문입니다. 과세관청도 같습니다. 제26조의2 제6항 제3호는 제45조의2 제1항·제2항·제5항·제6항에 따른 경정청구가 있으면 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 경정 등 필요한 처분을 할 수 있도록 정합니다. 부과제척기간이 지났다는 이유로 감액경정이 막히지 않습니다.
대법원도 국세부과의 제척기간이 지난 뒤라도 후발적 사유가 발생하면 경정청구를 할 수 있다고 판단하였습니다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결).
청구 후 2개월이 지나도록 통지가 없으면 어떻게 하나요?
세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 합니다(제45조의2 제3항 본문). 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못하신 경우에는 통지 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 하실 수 있습니다(같은 항 단서).
2개월 이내에 결정·경정이 곤란하면 세무서장은 진행상황과 위 단서에 따라 불복할 수 있다는 사실을 통지하여야 합니다(제4항). 이 통지는 제3항 단서의 통지에서 제외되므로 불복하실 수 있는 시점은 그대로입니다.
거부처분을 받으신 경우에는 그 처분이 있음을 안 날(통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 심사청구(제61조 제1항)나 심판청구(제68조 제1항)를 하실 수 있습니다. 이의신청에도 제66조 제6항의 준용에 따라 같은 기간이 적용됩니다. 이의신청을 거친 뒤 심사청구나 심판청구를 하실 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 다시 90일이 적용됩니다(제61조 제2항, 제68조 제2항).
계약 해제가 후발적 사유로 인정되지 않는 경우는 어떤 때인가요?
세법령이 해제로 실현되지 아니한 소득금액을 해제일이 속하는 사업연도의 차감사유로 따로 규정한 경우에는 후발적 경정청구 사유가 되지 않습니다. 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제를 기업회계의 기준이나 관행에 따라 해제일이 속하는 사업연도에 차감하여 신고해 온 특별한 사정이 있는 경우도 같습니다. 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결과 대법원 2020. 1. 30. 선고 2016두59188 판결이 같은 취지입니다. 두 판결 모두 법인세 사안입니다.
해제권의 행사나 부득이한 사유에 의하지 아니한 단순 합의해제는 제2호의 문언에 직접 해당하지 않습니다. 이 경우에는 제4호의 유사한 사유로 인정될 수 있는지를 검토하셔야 합니다.
후발적 경정청구 판정 순서 정리
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 법정신고기한 내 신고 또는 결정을 받았나 | 2번으로 | 기한후신고(제45조의3)부터 |
| 2 | 신고·결정 후 사정이 바뀌었나 | 제2항 후발적 사유 검토 | 통상 경정청구 5년 검토 |
| 3 | 민사판결·화해·심판 결정으로 확정되었나 | 제2항 제1호(형사판결 제외) | 제2호~제4호 해당 여부 확인 |
| 4 | 해제권·부득이한 사유로 해제되었나 | 시행령 제25조의2 제2호 | 시행령 제4호 유사 사유 확인 |
| 5 | 그 사유가 법정신고기한 후 발생했나 | 제2항 제5호 요건 충족 | 5년 내 통상 경정청구로 |
| 6 | 해제일 사업연도 차감 규정·관행이 있나 | 후발적 사유 아님 | 안 날부터 3개월 내 제출 |
| 7 | 사유를 안 날부터 3개월 내인가 | 경정청구서를 제출 | 그 후발적 사유로는 불가 |
| 8 | 2개월간 아무 통지가 없었나 | 다음 날부터 불복 제기 | 거부통지 후 90일 내 불복 |
청구서에는 사유의 발생일과 이를 안 날을 적고 판결문·화해조서·계약서·해제 통지 등 증명서류를 첨부하시기 바랍니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
