- 2026.2.19.
- 스타트업 세무
과세를 양도 시점으로 미루려면 행사일 전일까지 신청해야 합니다. 1년 안에 처분한 주식분은 다시 과세됩니다
주식매수선택권은 행사하는 시점과 그 주식을 양도하는 시점에 각각 과세됩니다. 두 시점의 과세 대상이 다르고 벤처기업 특례를 선택하면 과세 시점 자체가 달라집니다.
아래에서는 행사이익의 소득 구분, 벤처기업 특례 세 가지, 양도 단계의 취득가액과 세율을 순서대로 정리하였습니다.
주식매수선택권은 행사할 때와 양도할 때 각각 무엇이 과세되나요?
과세는 두 시점에서 이루어집니다. 행사 시점에는 행사 당시의 시가와 실제 매수가액의 차액이(소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호), 양도 시점에는 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 양도소득이 과세됩니다.
중복 과세를 막기 위해 행사하여 취득한 주식의 취득가액은 원칙적으로 행사 당시의 시가입니다(같은 영 제163조 제13항). 양도 단계에는 행사일 이후의 가격 변동분만 남습니다.
행사이익은 근로소득인가요, 기타소득인가요?
행사일 현재 부여 법인 또는 그와 법인세법 시행령 제2조 제8항의 특수관계에 있는 법인에서 근무 중이면 근로소득입니다. 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 부여받아 행사하면 기타소득으로 분류됩니다(소득세법 제20조 제1항 제1호와 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호, 제21조 제1항 제22호). 모회사가 부여하고 자회사에서 근무하는 구조도 근로소득입니다.
근로소득이면 원칙적으로 회사가 원천징수하고 연말정산으로 정산합니다. 다만 국외에 있는 외국법인(국내지점·영업소는 제외)이 지급하는 근로소득은 원천징수 대상이 아니므로(제127조 제1항 제4호 나목), 해외 모회사가 직접 부여한 옵션의 행사이익은 본인이 종합소득세 확정신고로 납부하셔야 합니다.
기타소득이면 원천징수세율이 100분의 20입니다(제129조 제1항 제6호 라목). 기타소득금액이 300만원을 초과하면 종합소득에 합산합니다. 300만원 이하이면서 원천징수된 경우에는 분리과세로 종결하거나 합산을 선택할 수 있습니다(제14조 제3항 제8호 가목).
벤처기업 스톡옵션의 행사이익은 얼마까지 비과세되나요?
벤처기업(또는 그 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업)의 임직원이 해당 벤처기업으로부터 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권의 행사이익은 연간 2억원까지 소득세를 과세하지 않습니다(조세특례제한법 제16조의2 제1항). 부여받은 뒤 퇴직하여 행사한 경우도 포함됩니다. 다만 벤처기업별 총 누적 비과세액은 5억원을 초과하지 못합니다.
대상 옵션은 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 것과, 상법 제340조의2·제542조의3에 따라 부여받은 것 중 코넥스상장기업 부여분으로 한정됩니다(같은 조 제2항). 코넥스에 상장했더라도 벤처기업이 아니면 대상이 아닙니다. 다만 이 코넥스 한정은 비과세 특례에만 있어 범위 밖 옵션도 납부특례는 검토하실 수 있습니다.
상담에서 자주 보는 오해는 비과세 한도를 넘기면 이미 비과세된 부분까지 추징된다는 것입니다. 제16조의2에는 사후관리·추징 조항이 없습니다. 추징은 뒤에서 다루는 제16조의4에서 발생합니다.– 대해회계사무소
납부특례와 과세특례는 어떻게 다른가요?
납부특례는 소득 구분을 그대로 두고 납부 시기만 5년에 걸쳐 나누는 제도입니다. 과세특례는 행사 단계에서 과세하지 않고 양도 단계에서 양도소득세로 과세합니다. 전자는 조세특례제한법 제16조의3, 후자는 같은 법 제16조의4입니다. 두 제도가 행사가액 5억원을 기준으로 갈리지는 않습니다.
납부특례를 신청하면 원천징수를 하지 않고 행사일이 속한 과세기간의 종합소득 확정신고 때 관련 세액의 5분의 1을 납부한 뒤 다음 4개 연도의 확정신고 시 분할납부세액의 4분의 1씩을 납부합니다. 신청서는 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 원천징수의무자에게, 제출하지 못한 경우에는 확정신고 때 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 기한 내에 제출하셨더라도 행사 연도의 확정신고 때 신청서 사본을 다시 제출하셔야 합니다(시행령 제14조의3 제4항).
과세특례는 대상자 요건과 옵션 요건을 함께 갖추어야 합니다. 주주총회 결의일 현재 시행령 제14조의4 제1항의 제외자에 해당하지 않아야 합니다. 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 주주총회 결의와 약정으로 부여받아 타인에게 양도하지 않고 결의일부터 2년 이상 재임·재직한 후 행사하여야 합니다. 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지의 전체 행사가액 합계가 5억원 이하여야 합니다.
사후관리는 사유별로 과세 범위가 다릅니다. 취득 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 증여·처분한 주식분 행사이익만 증여일 또는 처분일이 속하는 과세연도의 근로소득·기타소득으로 과세되고 나머지 보유분은 특례가 유지됩니다. 전체 행사가액이 5억원을 초과하거나 전용계좌로 다른 주식을 거래한 경우에는 위 2년 기간의 행사이익 전부가 과세되며 귀속시기는 각각 5억원을 초과한 날과 다른 주식을 최초로 거래한 날입니다(파산·회생·합병 등 부득이한 사유는 제외).
주식을 양도할 때 세액은 어떻게 계산되나요?
취득가액은 원칙적으로 행사 당시의 시가이지만 과세특례를 적용받은 경우에는 조세특례제한법 제16조의4 제3항의 계산식이 적용됩니다. 양도소득금액은 양도가액에서 행사 당시 실제 매수가액과 부여 당시 시가 중 큰 금액을 빼고 제16조의2 비과세액에서 시가 이하 발행이익 중 비과세 적용분을 뺀 금액을 다시 차감하여 산정합니다. 이때 벤처기업이 발급하는 특례신청확인서를 양도소득 신고와 함께 제출하여야 하므로(시행령 제14조의4 제6항) 발급을 미리 요청해 두셔야 합니다.
대주주는 본인과 특수관계 기타주주가 보유한 지분율 합계 또는 그 보유주식의 시가총액 합계로 판정합니다. 시가총액은 회사 전체가 아니라 보유주식의 평가액입니다. 기준은 직전 사업연도 종료일 현재 유가증권시장 1%, 코스닥 2%, 코넥스 4%이거나 시가총액 50억원 이상, 비상장법인은 4%이거나 10억원 이상(K-OTC에서 거래되는 벤처기업 주식은 40억원)입니다. 종료일에 미달하였더라도 그 후 주식을 취득해 기준에 해당하게 되면 취득일 이후에는 대주주로 봅니다(소득세법 시행령 제157조 제9항, 제167조의8 제1항 제2호 가목). 행사로 취득한 주식도 이 취득에 포함됩니다.
대주주는 과세표준 3억원 이하 20%, 3억원 초과분은 6천만원에 초과액의 25%를 더한 세액이며 1년 미만 보유한 중소기업 외 법인 주식은 30%입니다. 대주주가 아니면 중소기업 주식 10%, 그 밖 20%이고 상장주식을 증권시장에서 양도하는 비대주주는 과세대상에서 제외됩니다. 다만 과세특례를 적용받은 주식은 소득세법 제94조 제1항 제3호에도 불구하고 과세되므로 이 제외가 적용되지 않습니다(제16조의4 제2항).
증권거래세 법정세율은 1만분의 35이고 증권시장과 금융투자협회를 통한 양도에는 탄력세율이 적용됩니다. 2026년 1월 1일 이후 양도분은 유가증권시장 1만분의 5, 코넥스 1만분의 10, 코스닥과 K-OTC 1만분의 20이며 유가증권시장에는 농어촌특별세 1만분의 15가 더해져 합계 1만분의 20입니다. 비상장주식의 장외 양도는 1만분의 35가 적용되고 납세의무자가 양도자 본인이므로 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 직접 신고·납부하셔야 합니다(증권거래세법 제3조 제3호·제10조 제1항 제2호).
양도소득 예정신고 기한도 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월이어서 상반기 양도분은 8월 31일, 하반기 양도분은 다음 해 2월 말일까지입니다. 예정신고를 하였다면 확정신고는 생략할 수 있으나 같은 과세기간에 누진세율 대상 자산을 2회 이상 예정신고한 경우 등에는 다음 연도 5월 31일까지 합산하여 확정신고하셔야 합니다(소득세법 제110조 제4항).
스톡옵션 과세 판정 순서 정리
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 행사일에 부여 법인·특수관계법인 근무 중인가 | 행사이익은 근로소득 | 기타소득, 원천징수 20% |
| 2 | 2027년 12월 31일 이전 부여 벤처기업 옵션인가 | 비과세·특례 검토 | 행사이익 전액 행사연도 과세 |
| 3 | 벤처기업법 제16조의3 또는 코넥스 상법 옵션인가 | 연 2억·누적 5억 비과세 | 비과세 제외, 납부특례만 검토 |
| 4 | 제외자가 아니고 2년 재임·행사가액 5억 이하인가 | 과세특례·납부특례 중 선택 | 납부특례 분할납부만 검토 |
| 5 | 행사일 전일까지 신청서를 냈는가 | 전용계좌 입고 후 특례 적용 | 사후 신청 불가, 행사연도 과세 |
| 6 | 증여하거나 1년 내 처분하는가 | 증여·처분 주식분만 과세 | 특례 유지, 양도소득 계산 |
| 7 | 사업연도 말·이후 취득 합산 지분이 기준 이상인가 | 대주주, 과표 3억 초과분 25% | 중소기업 10%, 그 밖 20%(상장 장내분 제외) |
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
