함께 개원한 원장이 나누기로 한 비율은 약정대로 인정됩니다

• 2026.2.17.
• 병원,약국 세무

구성원이나 비율이 바뀌면 신고는 두 갈래입니다. 탈퇴하며 받는 영업권 대가는 소득 종류부터 갈립니다

두 명 이상이 함께 개원한 병의원의 소득세는 구성원 각자의 진료 실적별로 따로 계산되지 않습니다. 나누는 비율과 세무서에 신고한 내용이 실제 분배와 일치하는지가 검토의 출발점입니다.

공동개원한 병의원의 소득금액은 어떻게 계산해서 나누나요?

소득세법 제43조 제1항은 사업을 경영하는 장소인 공동사업장을 1거주자로 보아 공동사업장별로 소득금액을 계산하도록 정합니다. 구성원별로 각자 계산하는 방식이 아니라, 하나의 소득금액을 산출한 뒤 이를 분배하는 순서입니다.

같은 법 제87조 제3항은 공동사업장을 장부의 비치·기록(제160조 제1항)과 사업자등록(제168조)에서 1사업자로 봅니다.

대표공동사업자는 공동사업자들 중에서 선임된 자이고 선임하지 아니하면 손익분배비율이 가장 큰 자입니다. 비율이 같으면 사업장 소재지 관할 세무서장이 결정합니다. 출자만 하는 공동사업자는 제외됩니다(소득세법 시행령 제150조 제1항). 공동사업장에서 발생하는 소득금액의 결정·경정은 대표공동사업자의 주소지 관할 세무서장이 합니다(같은 조 제2항). 각 공동사업자의 종합소득세 납세지는 각자의 주소지입니다(소득세법 제6조 제1항).

다음은 나누는 비율입니다.

손익분배비율은 출자지분과 다르게 정할 수 있나요?

소득세법 제43조 제2항은 소득금액을 공동사업자 간에 약정된 손익분배비율로 분배하도록 하고 약정된 손익분배비율이 없는 경우에만 지분비율에 따르도록 정합니다. 출자한 지분과 다른 비율을 약정하신 경우에는 그 약정비율이 우선합니다.

분배기준과 별도로 신고의무가 있습니다. 같은 법 제87조 제4항은 사업자등록을 할 때 공동사업자·약정한 손익분배비율·대표공동사업자·지분·출자명세를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하도록 정합니다. 신고를 누락하였다고 하여 약정비율이 지분비율로 바뀌지는 않습니다. 다만 손익분배비율을 약정과 다르게 신고하거나 변동신고를 하지 아니하면 해당 과세기간 총수입금액의 1천분의 1이 가산세로 부과됩니다. 사업자등록을 하지 아니하거나 공동사업자가 아닌 자를 거짓 등록하면 1천분의 5입니다(같은 법 제81조의4 제1항, 같은 법 시행령 제147조의3).

상담에서 먼저 확인하는 것은 약정서의 존재 여부가 아니라 사업자등록 신고내용입니다. 약정한 비율과 신고된 비율, 실제 분배액 세 가지를 나란히 놓고 대조하시기 바랍니다.

– 대해회계사무소

구성원에 가족이 있으면 판정이 한 단계 더 있습니다.

배우자나 부모를 공동사업자에 포함하면 어떻게 되나요?

소득세법 제43조 제3항은 거주자 1인과 특수관계인이 공동사업자에 포함된 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등의 사유가 있으면, 특수관계인의 소득금액을 손익분배비율이 큰 주된 공동사업자의 소득금액으로 보도록 정합니다. 특수관계인이 구성원에 없는 공동개원에는 이 규정이 적용되지 않고 가족이 포함되었다는 사실만으로 합산되는 것도 아닙니다.

특수관계인은 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항부터 제3항까지의 관계에 있는 자로서 생계를 같이 하는 자로 한정되며 해당 과세기간 종료일 현재의 상황으로 판정합니다(소득세법 시행령 제100조 제2항·제3항).

사유는 두 가지로 한정됩니다(같은 조 제4항). 소득세법 제70조 제4항에 따라 제출한 종합소득 과세표준 확정신고서와 첨부서류에 기재한 소득금액 내역·지분비율·약정된 손익분배비율 등이 사실과 현저하게 다른 경우와 조세를 회피하기 위하여 공동으로 사업을 경영하는 것이 확인되는 경우입니다.

손익분배비율이 같으면 공동사업소득 외의 종합소득금액이 많은 자, 직전 과세기간의 종합소득금액이 많은 자의 순서로 주된 공동사업자를 정합니다(같은 조 제5항).

합산과세되는 경우 특수관계인은 자기의 손익분배비율에 해당하는 소득금액을 한도로 주된 공동사업자와 연대하여 납세의무를 집니다(소득세법 제2조의2 제1항 단서). 또한 실질적인 출자나 경영 참여 없이 지분이 이전된 것으로 판단되면 증여세 문제가 함께 발생할 수 있습니다.

구성원이나 비율이 바뀌면 신고 의무가 두 갈래입니다.

구성원이나 손익분배비율이 바뀌면 어떤 신고를 해야 하나요?

신고한 내용에 변동이 생기면 대표공동사업자가 공동사업장등이동신고서로 변동내용을 신고하여야 하고(소득세법 제87조 제5항) 사업자등록 정정신고도 하여야 합니다. 다만 사업자등록 정정신고를 하면서 변동내용을 함께 신고한 경우에는 이동신고서를 제출한 것으로 봅니다(같은 법 시행령 제150조 제4항 후단).

변동내용 신고의 기한은 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 종료일부터 15일 이내입니다(같은 항 전단). 사유가 발생한 날부터 15일 이내가 아닙니다.

면세사업자인 병의원의 사업자등록 정정은 소득세법 제168조 제3항이 준용하는 부가가치세법 제8조에 따릅니다. 구성원 또는 출자지분이 변경되면 지체 없이 정정신고서를 제출하여야 하고(부가가치세법 시행령 제14조 제1항 본문·제6호) 신고서에 사업자등록증을 첨부하면 관할 세무서장이 신고일부터 2일 이내에 재발급합니다(같은 조 제2항·제3항 제2호). 2일은 재발급 기한이지 신고기한이 아닙니다.

구성원이 바뀌면 사업장 수입금액도 달라집니다.

성실신고확인 대상은 공동사업장 단위로 판정하나요?

성실신고확인 대상 판정에서도 공동사업장은 1거주자로 보므로 손익분배비율로 안분한 금액이 아니라 공동사업장 전체의 수입금액으로 판정합니다. 구성원이 같은 공동사업장이 둘 이상이면 수입금액을 합산하고 단독사업장이 있으면 공동사업장의 판정 결과와 관계없이 따로 판정합니다.

병의원이 속하는 보건업 및 사회복지 서비스업의 기준 수입금액은 5억원입니다(소득세법 시행령 제133조 제1항 제3호). 해당 과세기간의 수입금액에서 사업용 유형자산을 양도하여 발생한 수입금액을 뺀 합계액이 5억원 이상이면 성실신고확인 대상이 됩니다(같은 항 본문).

성실신고확인서를 제출하는 경우에 한하여 확정신고 기한이 다음 연도 5월 1일부터 6월 30일까지로 연장됩니다(소득세법 제70조의2 제2항). 확인서를 제출하지 아니하면 기한은 제70조 제1항의 5월 31일 그대로입니다. 6월 30일까지 확인서를 제출하지 아니하면 산출세액에 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액의 5%와 사업소득 총수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액이 가산세로 더해집니다(제81조의2 제1항).

탈퇴 대가는 소득의 종류부터 구분합니다.

탈퇴하면서 받는 영업권 대가는 어떤 소득으로 과세되나요?

공동사업 구성원 중 1인이 탈퇴하면서 자기 지분을 양도하고 받은 영업권 상당액은 소득세법 제21조 제1항 제7호의 기타소득으로 과세됩니다. 국세청도 의료업 공동사업장 사례에서 같게 보았습니다(사전-2020-법령해석소득-0683). 받은 금액의 60%를 필요경비로 보되, 실제 필요경비가 이를 초과하면 그 초과분도 산입합니다(소득세법 시행령 제87조 제1호의2). 이 기타소득은 원천징수 대상이므로 대가를 지급하는 자는 기타소득금액의 20%를 원천징수하여 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하여야 합니다(소득세법 제127조 제1항 제6호·제128조 제1항·제129조 제1항 제6호 라목).

다만 사업에 사용하는 토지·건물 및 부동산에 관한 권리와 함께 양도하는 영업권은 양도소득으로 과세됩니다(소득세법 제94조 제1항 제4호 가목). 같은 목은 별도로 평가하지 아니하였더라도 사회통념상 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 인가·허가·면허 등으로 얻는 경제적 이익을 포함합니다. 병원 건물을 임차한 경우 점포임차권과 함께 양도하는 영업권은 기타소득입니다(같은 법 시행령 제41조 제3항·제4항).

양수하는 쪽에서 그 영업권은 감가상각 대상 무형자산입니다(소득세법 시행령 제62조 제2항 제2호 가목). 상각방법은 정액법(같은 영 제64조 제1항 제1호), 내용연수는 5년입니다(같은 영 제63조 제1항 제1호와 시행규칙 제32조 제1항이 준용하는 법인세법 시행규칙 별표 3).

공동개원 손익분배 판정 순서 정리

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

공동개원한 병의원도 사업장 현황신고를 해야 하나요?

의료보건용역은 원칙적으로 부가가치세가 면세되므로 부가가치세 확정신고 대신 사업장 현황신고를 합니다. 소득세법 제78조 제1항은 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하도록 정하고 있습니다. 다만 쌍꺼풀수술·지방흡인술 등 성형수술과 기미 치료술·제모술·모발이식술 등 국민건강보험법 제41조 제4항에 따라 요양급여 대상에서 제외되는 진료용역은 면세에서 제외되므로(부가가치세법 시행령 제35조 제1호 단서), 이를 함께 하는 병의원은 부가가치세 확정신고를 하고 면세사업 수입금액에 대하여만 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다(소득세법 제78조 제1항 제2호 단서).

성실신고확인에 든 비용은 세액공제를 받을 수 있나요?

조세특례제한법 제126조의6은 성실신고확인에 직접 사용한 비용의 60%를 세액공제하도록 정하고 있고, 개인의 공제한도는 같은 법 시행령 제121조의6 제1항 제1호에 따라 120만원입니다. 경정으로 사업소득금액등의 10% 이상을 과소신고한 사실이 확인되면 공제세액이 전액 추징되고, 그 이후 3개 과세연도에는 공제가 배제됩니다.

진료에 참여하지 않고 자금만 출자한 동업자는 어떻게 과세되나요?

경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 출자공동사업자의 분배액은 사업소득이 아니라 소득세법 제17조 제1항 제8호의 배당소득으로 구분되며, 원천징수세율은 25%입니다(제129조 제1항 제2호 가목). 다만 이 배당소득은 소득세법 제14조 제3항 제6호 괄호에 따라 금액과 관계없이 분리과세되지 아니하고 종합과세되므로, 25%는 정산 전 원천징수세율입니다. 공동사업에 성명이나 상호를 사용하게 한 자와 공동사업의 채무에 대하여 무한책임을 지기로 약정한 자는 출자공동사업자에서 제외됩니다.

공동사업장에서 발생한 가산세와 원천징수세액은 누가 부담하나요?

소득세법 제87조 제1항은 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액을 각 공동사업자의 손익분배비율로 배분하도록 정하고 있습니다. 같은 조 제2항은 배분 대상 가산세를 제81조, 제81조의3, 제81조의4, 제81조의6 및 제81조의8부터 제81조의11까지의 규정과 국세기본법 제47조의5에 따른 가산세로 한정하여 열거하고 있습니다. 장부의 기록·보관 불성실 가산세(제81조의5)와 성실신고확인서 제출 불성실 가산세(제81조의2)는 이 열거에 없습니다.

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