- 2026.2.13.
- 스타트업 세무
증자등기에는 등록면허세와 지방교육세 0.48%가 붙습니다. 지분 절반을 넘긴 주주는 취득세를 확인합니다
액면금액을 초과하여 납입된 투자금에는 법인세가 부과되지 않습니다. 다만 증자등기와 지분 변동에 따라 지방세·증여세와 중소기업 지위 검토가 필요합니다.
확인 사항을 여섯 가지 질문으로 정리했습니다.
투자금이 들어오면 법인세를 내야 하나요?
법인이 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 액면금액을 초과한 금액은 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 않습니다(법인세법 제17조 제1항 제1호).
예외는 채무의 출자전환입니다. 출자전환으로 발행한 주식등의 시가(법인세법 제52조 제2항)를 초과하여 발행된 금액은 익금불산입 대상에서 제외됩니다. 다만 그중 이월결손금 보전에 충당한 금액은 익금에 산입하지 아니하며(같은 법 제18조 제6호) 나머지도 이후 사업연도의 결손금 보전에 충당할 수 있습니다(제17조 제2항). 브릿지론 전환 시에는 시가와 결손금 상황을 함께 검토하셔야 합니다.
등기 단계에서 납부할 세금이 별도로 있습니다.
증자등기에는 어떤 세금이 얼마나 부과되나요?
영리법인의 자본증가 등기에 대한 등록면허세는 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4이며 그 세액의 100분의 20이 지방교육세로 더해집니다. 합하면 납입액의 0.48%입니다. 산출세액이 11만2천5백원 미만이면 11만2천5백원으로 하므로 최저 부담은 13만5천원입니다. 등록면허세는 등록을 하기 전까지 신고·납부하여야 합니다(지방세법 제30조 제1항).
대도시에서의 법인 설립(휴면법인 인수 포함)에 따른 등기는 세율이 100분의 300으로 적용되고 설립 후 또는 대도시 전입 후 5년 이내의 자본 증가가 여기에 포함됩니다(지방세법 제28조 제2항). 부담은 납입액의 1.44%(최저 40만5천원)가 됩니다. 대도시는 수도권정비계획법 제6조의 과밀억제권역(산업단지 제외)이며 수도권에서는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로 옮긴 것도 전입으로 봅니다(같은 법 제13조 제2항 제1호).
다만 지방세법 시행령 제44조가 준용하는 같은 영 제26조 제1항의 소프트웨어사업, 전기통신사업, 첨단업종, 도시형공장 경영사업 등은 중과에서 제외됩니다. 해당 여부는 사업내용에 따른 판단이므로 등기 전에 확인하셔야 합니다. 중과 제외 업종으로 등기한 뒤 정당한 사유 없이 등기일부터 2년 이내에 업종을 변경하거나 추가하면 그 부분에 중과세율이 적용되므로(같은 법 제28조 제3항) 사업목적 변동도 함께 관리하시기 바랍니다.
지분 구성이 바뀌면 주주에게 부과되는 세금도 있습니다.
증자로 과점주주가 되면 취득세를 내야 하나요?
법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되면 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 취득세가 부과됩니다(지방세법 제7조 제5항). 과점주주란 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식 합계가 발행주식총수(의결권 없는 주식 제외)의 100분의 50을 초과하고 그 권리를 실질적으로 행사하는 경우를 말합니다.
세액은 중과기준세율 1천분의 20으로 계산합니다(같은 법 제13조 제1항·제5항의 물건은 100분의 300 또는 500). 과세표준은 법인의 장부 등에 따른 부동산등 총가액을 발행주식 총수로 나눈 가액에 취득한 주식 수를 곱한 금액입니다(같은 법 제10조의6 제4항). 처음 과점주주가 된 경우에는 그날 보유한 주식 전부를 취득한 것으로 봅니다(같은 법 시행령 제11조 제1항). 신고·납부기한은 과점주주가 된 날부터 60일 이내입니다.
법인설립 시 발행주식을 취득한 경우는 취득으로 보지 않습니다. 장부에 부동산·차량·기계장비 등 과세대상 물건이 없으면 과세표준이 영이 됩니다. 이미 과점주주이던 자는 종전 최고비율을 초과하는 증가분만 과세됩니다.
상담에서는 클로징 이후에 간주취득세를 확인하시는 경우가 많습니다. 세액이 성립 시점의 장부가액으로 산정되므로 텀시트 단계에서 유형자산 명세를 정리하셔야 합니다.– 대해회계사무소
배정이 균등하지 않으면 증여 문제가 검토됩니다.
신주를 시가와 다른 가액으로 발행하면 증여세 문제가 생기나요?
유상증자를 주주 전원에게 지분비율대로 균등하게 배정하면 증자에 따른 이익의 증여 문제는 원칙적으로 발생하지 않습니다. 다만 균등 배정이라도 신주인수권을 포기한 주주가 있으면 실권주가 생깁니다. 실권주 처리나 제3자 배정이 있으면 발행가액과 시가를 대조하여 판정합니다.
신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행하면 실권주를 배정받은 자, 주주가 아닌 자로서 신주를 직접 배정받은 자, 균등한 조건을 초과하여 배정받은 자에게 이익이 생깁니다. 그 이익은 특수관계 여부와 기준금액 요건 없이 증여재산가액이 됩니다(상속세 및 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목·다목·라목).
100분의 30·3억원의 기준금액 요건은 실권주를 배정하지 아니한 경우(제1호 나목과 제2호 나목)에만 적용되고 저가발행형의 그 이익은 인수를 포기한 자의 특수관계인이 인수한 때에만 과세됩니다. 시가보다 높게 발행하는 경우에는 제2호 각 목이 모두 특수관계인의 이익만을 과세대상으로 하므로 특수관계 없는 재무적 투자자의 고가 인수는 증여로 보지 않습니다.
투자자 구성은 세법상 중소기업 지위에 영향을 줍니다.
투자를 받으면 세법상 중소기업에서 벗어나나요?
자본금 규모는 세법상 중소기업 판정 기준이 아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 업종별 매출액과 자산총액 5천억원 미만을 기준으로 정합니다.
규모 확대로 자산총액 5천억원 이상이 되거나 매출액 기준을 벗어난 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 봅니다. 이 유예기간은 2024년 11월 12일 시행 개정으로 확대되었고 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 사유가 발생하는 경우부터 적용됩니다.
중소기업 지위를 잃으면 특별세액감면이 배제됩니다. 일반연구·인력개발비 세액공제의 당기분 공제율은 100분의 25에서 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내 100분의 20, 그 후 2년 이내 100분의 15로 낮아집니다. 이후에는 중견기업이면 100분의 8, 아니면 수입금액 대비 연구·인력개발비 비율의 2분의 1(100분의 2 한도)이 적용됩니다.
반대로 이번 투자가 감면 요건을 충족시키기도 합니다. 법령이 열거한 투자 주체의 투자금액 합계가 5천만원 이상이고 자본금 대비 100분의 10 이상이면 벤처투자유형 요건을 갖춥니다. 조세특례제한법 제6조 제3항의 업종을 경영하는 중소기업이 창업 후 3년 이내에 2027년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받아야 합니다. 확인일 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 법인세의 100분의 50이 감면됩니다(창업중소기업 세액감면 적용 시 제외).
재무상태표가 바뀌면 회계 의무도 달라집니다.
투자금이 들어오면 외부감사 대상이 되나요?
외부감사 대상 판정 기준에 자본금 항목은 없습니다. 주식회사는 직전 사업연도 말 자산총액 500억원 이상, 직전 사업연도 매출액 500억원 이상, 또는 자산총액 120억원 이상·부채총액 70억원 이상·매출액 100억원 이상·종업원 100명 이상 중 두 가지 이상에 해당하면 외부감사 대상이 됩니다.
라운드 규모에 따라 다르나 자산총액 120억원 기준을 먼저 넘기는 경우가 많아 나머지 세 가지 중 하나에 함께 해당하는지가 관건입니다. 판정 시점이 직전 사업연도 말이므로 투자금이 들어온 사업연도의 결산 결과에 따라 그 다음 사업연도가 대상이 됩니다.
끝으로 사업연도 중 주식등의 변동이 있는 법인(조합법인 등 제외)은 법인세 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 제출하여야 합니다(법인세법 제119조). 소액주주 소유분은 대상이 아닙니다. 제출하지 아니하거나 누락하면 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1이 산출세액과 무관하게 가산세로 부과됩니다.
증자 후 확인 순서 정리
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 대도시 설립·전입 후 5년 이내인가 | 중과 제외 업종 확인 후 1.44% | 납입액의 0.48% 납부 |
| 2 | 신주 인수로 처음 과점주주가 되거나 최고비율 초과인가 | 장부상 부동산등 가액 확인 | 간주취득세 검토 종료 |
| 3 | 균등 배정이고 실권주가 없는가 | 증여의제 검토 불요 | 발행가액과 시가 대조 |
| 4 | 자산 5천억원 이상 법인이 30% 이상 최다출자자인가 | 유예 없이 중소기업 제외 | 벤처투자회사 등은 해당 없음 |
증자등기와 지분 변동, 감면은 기한과 요건이 다르므로 투자계약 조건 확정 단계에서 함께 검토하시기 바랍니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
