- 2026.2.11.
- 병원,약국 세무
환자는 발급받지 못한 날부터 5년 안에 신고할 수 있고 미용 시술도 열거된 것만 부가가치세가 붙습니다
병의원의 현금 진료비는 환자가 요청하지 아니하더라도 현금영수증을 발급하여야 하는 경우가 있습니다. 보건업이 「소득세법 시행령」 별표 3의3의 현금영수증 의무발행업종에 열거되어 있기 때문입니다.
국세청이 병의원의 수입금액을 신고서만으로 파악하는 것은 아닙니다. 국민건강보험공단의 지급자료와 카드·현금영수증 발급자료가 과세자료로 제출되어 사업장 현황신고 내용과 대조됩니다. 원장께서 확인하실 사항을 여섯 가지 질문으로 정리했습니다.
의원의 현금 진료비는 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 하나요?
건당 거래금액이 부가가치세를 포함하여 10만원 이상인 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받으신 경우에는 상대방이 요청하지 아니하더라도 발급하여야 합니다. 별표 3의3 제2호 보건업은 종합병원·병원·치과병원·한방병원·요양병원과 일반의원·기타의원·치과의원·한의원 등을 열거합니다. 다만 사업자등록을 한 자에게 공급하고 계산서나 세금계산서를 교부한 경우에는 발급하지 아니할 수 있습니다.
가맹점 가입 의무도 함께 발생합니다. 별표 3의3의 업종을 영위하는 신규사업자는 해당 업종의 사업을 개시한 날부터 60일 이내에 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하며 직전 과세기간 수입금액이 2천400만원에 미치지 못하더라도 가입 대상입니다.
환자의 인적사항을 확인하지 못하셨더라도 발급의무가 면제되는 것은 아닙니다. 이 경우 현금을 받은 날부터 5일 이내에 국세청 지정번호(010-000-1234)로 무기명 발급하실 수 있습니다.
발급하지 아니한 경우를 살펴보겠습니다.
현금영수증을 발급하지 않으면 가산세가 얼마나 부과되나요?
의무발행업종 사업자가 현금영수증을 발급하지 아니한 경우 미발급금액의 100분의 20이 가산세로 부과됩니다. 다만 착오나 누락으로 거래대금을 받은 날부터 10일 이내에 관할 세무서에 자진 신고하시거나 현금영수증을 자진 발급하신 경우에는 100분의 10이 적용됩니다.
가산세 부과 대상에서 제외되는 수입도 시행령이 정합니다. 국민건강보험법의 보험급여, 의료급여법의 의료급여, 긴급복지지원법의 의료지원비, 응급의료에 관한 법률의 대지급금, 자동차손해배상 보장법의 보험금 및 공제금(공제금은 여객자동차 운수사업법·화물자동차 운수사업법에 따른 공제사업자의 공제금으로 한정합니다)의 다섯 가지입니다. 다만 이는 가산세를 부과하지 아니하는 사유이며 발급의무 자체를 면제한다는 문언이 아닙니다.
발급을 거부하신 경우에는 별도의 가산세가 적용됩니다.
환자가 발급 거부를 신고하면 어떤 가산세가 부과되나요?
현금영수증가맹점이 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급하여 관할 세무서장으로부터 신고금액을 통보받은 경우, 건별 금액의 100분의 5가 가산세로 부과됩니다. 건별로 계산한 금액이 5천원 미만이면 5천원으로 합니다. 이 규정은 발급대상 금액이 건당 5천원 이상인 경우에만 적용되고 의무발행 미발급에 해당하는 부분은 제외됩니다.
신고할 수 있는 상대방은 거부당한 경우로 한정되지 아니합니다. 현금영수증을 발급받지 못하거나 사실과 다르게 발급받은 상대방은 그 거래내용을 국세청장·지방국세청장 또는 세무서장에게 신고할 수 있고 신고서는 발급이 거부되거나 사실과 다르게 발급받은 날부터 5년 이내에 제출하여야 합니다.
상담에서 자주 확인되는 사례는 결제 단말기 장애로 현금만 수령한 날의 발급이 누락된 경우입니다. 발급받지 못한 상대방도 신고할 수 있고 신고 기간이 5년이므로 그 기간 전체를 두고 점검하시기 바랍니다.– 대해회계사무소
부가가치세 과세 여부는 별개의 기준으로 판정됩니다.
미용 목적 진료는 모두 부가가치세 과세대상인가요?
의료보건 용역은 부가가치세가 면제되는 것이 원칙이며 과세되는 진료용역은 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 단서가 한정하여 열거한 것에 한합니다. 단서는 국민건강보험법 제41조 제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 진료용역 중 가목·나목에 열거된 것을 면세에서 제외합니다.
가목은 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형 등 성형수술과 악안면 교정술을 열거합니다. 다만 성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술, 종양 제거에 따른 재건수술, 치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 과세대상에서 제외되고 유방암 수술에 따른 유방 재건술도 제외됩니다.
나목은 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술을 열거합니다.
그러므로 미용 목적인지 여부가 아니라, 요양급여의 대상에서 제외되는 진료이면서 가목·나목에 열거된 시술인지를 함께 확인하셔야 합니다.
과세 시술을 함께 하시면 매입세액 처리가 달라집니다.
과세와 면세를 함께 하면 매입세액은 어떻게 배분하나요?
실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 계산합니다. 예정신고 시 안분하고 확정신고 시 정산합니다.
안분하지 아니하고 전액 공제하는 경우도 있습니다. ① 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액(공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외합니다) ② 해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액입니다.
신용카드매출전표등 발행세액공제는 과세되는 공급에 적용되므로 면세인 진료수입에는 적용되지 않습니다. 과세되는 시술의 매출분에 한하여 발급금액 또는 결제금액의 1퍼센트(2026년 12월 31일까지는 1.3퍼센트)를 연간 500만원(같은 기한까지는 1천만원) 한도로 공제받으실 수 있습니다. 다만 의료법인 등 법인사업자와 직전 연도 공급가액 합계액이 사업장 기준 10억원을 초과하는 개인사업자는 공제 대상에서 제외됩니다.
신고한 수입금액은 이후에도 외부 자료와 대조됩니다.
사업장 현황신고와 국세청이 보유한 자료는 어떻게 대조되나요?
면세사업자인 개인 병의원은 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 사업장 현황신고를 하여야 합니다. 신고서에는 업종별 수입금액 명세 외에 수입금액의 결제수단별 내역과 계산서·세금계산서·신용카드매출전표 및 현금영수증 수취내역이 포함됩니다. 국세청장이 세원관리상 필요하다고 인정하는 사업장은 의료업자 수입금액검토표도 첨부하여야 합니다.
과세되는 시술을 겸영하시어 부가가치세 신고에서 면세사업 수입금액을 신고하신 경우에는 그 면세사업등에 대하여 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다. 신고를 하지 아니하시거나 미달하게 신고하신 경우에는 그 신고하지 아니한 수입금액 또는 미달하게 신고한 수입금액의 1천분의 5가 가산세로 부과됩니다. 이 가산세는 의료업·수의업·약국에 적용되고 종합소득산출세액이 없어도 부과됩니다.
대조되는 자료의 출처도 법이 정합니다. 국민건강보험공단과 여신전문금융업협회는 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」이 정한 과세자료제출기관이며 보험급여 등의 지급 현황과 회원·사업자의 사업실적에 관한 자료가 과세자료에 포함됩니다.
신고를 마치셨다고 수입금액이 확정되는 것은 아닙니다. 신고를 하지 아니한 경우, 신고 내용 중 중요한 부분이 미비하거나 허위라고 인정되는 경우, 계산서 수수내역이 사실과 현저하게 다르다고 인정되는 경우 등에는 사업장 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 사업장 현황을 조사·확인할 수 있습니다. 누락이 확인되면 과소신고납부세액등의 100분의 10(부정행위로 인한 부분은 100분의 40)이 부과되고 부과제척기간도 원칙 5년에서 무신고 7년, 부정행위 10년으로 달라집니다.
병의원 발급의무 판정 순서 정리
보건업에 해당하는 의료기관 중 소득세 납세의무자인 개인 병의원을 전제로 확인하시기 바랍니다.
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 부가가치세 포함 건당 거래금액이 10만원 이상인가 | 현금 수령 시 요청 없어도 발급 | 요청 시 1원 이상 발급 |
| 2 | 착오·누락이고 거래대금 수령일부터 10일 이내인가 | 자진 신고·자진 발급 시 10% 적용 | 미발급금액 20% 적용 |
| 3 | 요양급여 제외 대상이면서 시행령에 열거된 시술인가 | 과세분 신고·공통매입세액 안분 | 진료수입 전부 면세 |
| 4 | 2월 10일 현황신고를 마쳤는가 | 검토표·결제수단 내역 대조 | 무신고·미달 수입금액의 0.5% 가산세 |
발급 누락이 확인되신 경우에는 10일 이내 자진 발급 가능 여부, 가산세 부과 제외 대상 해당 여부, 현황신고 수입금액의 수정 여부를 검토하시기 바랍니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
