약국에서 폐기한 의약품을 적어 두지 않으면 매출로 취급될 수 있습니다

• 2026.2.5.
• 병원,약국 세무

약을 공급한 도매상은 출고뿐 아니라 반품과 폐기까지 보고합니다. 조제는 면세이고 일반판매는 과세입니다

약국의 매출 신고가 도매처 공급내역과 어긋난다는 지적을 받으셨다면, 먼저 확인하실 것은 매출액 자체가 아니라 그 차이를 설명하는 기록입니다. 의약품 매입은 약국이 신고하기 전에 도매상 쪽에서 보고되고 조제 매출도 건강보험 지급 경로로 남기 때문입니다.

이번 글에서는 자료 불일치를 점검하실 때의 확인 사항을 다섯 가지 질문으로 정리했습니다.

약국이 신고하지 않아도 매입내역이 파악되나요?

공급한 도매상 쪽에서 먼저 보고되므로 파악됩니다. 약사법 제47조의3 제2항은 품목허가를 받은 자, 수입자 및 의약품 도매상이 약국에 의약품을 공급하면 그 내역을 의약품관리종합정보센터에 제출하도록 정합니다. 이 업무는 건강보험심사평가원이 수행합니다.

보고 시점은 결산기가 아닙니다. 약사법 시행규칙 제45조 제1항은 완제의약품을 공급하는 경우 별지 제24호의2서식으로 제품을 출하할 때 보고하는 것을 원칙으로 합니다. 다만 일반의약품과 일련번호를 부착하지 않는 전문의약품은 매월 다음 달 말일까지 보고할 수 있도록 단서를 둡니다(일반의약품은 별지 제24호서식). 별지 제24호서식은 공급받은 자의 사업자등록번호·요양기관기호, 표준코드, 공급수량, 공급일자, 공급금액을 거래명세서 단위로 적도록 합니다. 어떤 품목을 언제 얼마나 매입하였는지가 사업자등록번호 단위로 집계됩니다.

이 자료가 곧바로 국세청으로 넘어간다고 단정할 것은 아닙니다. 다만 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」이 공공기관 자료의 제출 통로를 둡니다.

매입이 그러하다면 매출은 어떤 자료로 남는지 이어서 살펴보겠습니다.

조제 매출은 어떤 외부자료로 확인되나요?

공단부담금과 본인일부부담금이 서로 다른 경로로 남으므로 두 갈래를 합산하여 대사하셔야 합니다. 국민건강보험법 제47조에 따라 요양기관이 심사평가원에 요양급여비용을 청구하면 공단이 심사 결과에 따라 이를 지급합니다. 그 지급 결과는 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」 시행령 별표 제57호에 요양급여비용의 지급에 관한 자료로 열거되어 국세청에 매년 1월 31일까지 제출됩니다.

다만 합산하셔도 지급자료와 장부가 그대로 일치하지는 않습니다. 청구액이 심사 결과에 따라 조정되어 지급되고(같은 조 제2항·제3항), 지급 시점과 매출의 귀속시기(소득세법 제39조)도 다르기 때문입니다. 청구액·심사조정액·지급액을 월별로 나란히 둔 대사표를 귀속연도로 재배열해 두셔야 합니다.

본인일부부담금은 카드 결제자료와 현금영수증 자료로 포착되므로 조제 매출을 공단 지급분만으로 인식하시면 본인부담금 쪽에서 차이가 남습니다. 의약품 및 의료용품 소매업은 현금영수증 의무발행업종이므로 건당 10만원 이상 현금거래는 요청이 없더라도 발급하여야 합니다. 미발급 가산세는 미발급금액의 20퍼센트입니다. 다만 국민건강보험법에 따른 보험급여의 대상인 경우 등은 제외되고 착오·누락으로 거래대금을 받은 날부터 10일 이내에 자진 신고하거나 자진 발급하시면 10퍼센트가 적용됩니다.

매출 자료가 확인되면 다음은 그 매출을 과세분과 면세분으로 나누는 문제입니다.

약국 매출은 어디까지가 면세이고 어디부터 과세인가요?

약사가 제공하는 의약품의 조제용역은 면세이고 그 밖의 판매는 면세 열거에 해당하지 않아 과세됩니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 같은 법 시행령 제35조 제4호가 면세하는 것은 조제용역이므로 일반의약품·건강기능식품·잡화의 판매는 과세 대상이 됩니다. 결국 대부분의 약국은 겸영사업자로 판정됩니다.

겸영에서 문제가 되는 것은 임차료·전기료만이 아닙니다. 같은 품목이 조제와 일반판매 양쪽에 쓰여 실지귀속을 구분할 수 없다면 그 의약품 매입세액도 문제가 됩니다. 부가가치세법 시행령 제81조는 총공급가액 중 면세공급가액 비율로 안분계산하도록 정합니다. 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우 등 전액 공제하는 예외가 있습니다. 다만 조제 비중이 큰 약국은 그 비율이 5퍼센트를 크게 웃돌아 해당할 여지가 크지 않습니다.

구분을 마쳤는데도 매입과 매출의 규모가 맞지 않는 경우가 있습니다.

매입과 매출이 맞지 않으면 어떻게 설명해야 하나요?

차이는 재고 증감, 반품, 폐기로 설명되어야 하며 기록이 없으면 그 차액이 판매된 것으로 취급될 수 있습니다. 매입에서 매출을 역산하는 검증은 재고 증감을 전제로 하므로 기말재고 실사를 생략하고 전년 수치를 그대로 옮기시면 반박할 자료가 남지 않습니다.

별지 제24호서식은 공급구분을 출고·반품·폐기로 나누어 보고하도록 합니다. 반품·폐기분도 외부 자료에 반영된다는 뜻입니다. 약국이 그 사실을 장부에 남기지 않으시면 외부 자료상 순매입과 장부상 매입이 어긋나므로 폐기확인서·반품확인서·재고실사표를 5년의 보존기간 동안 갖추어 두시기 바랍니다.

다만 결정·경정은 장부와 증명서류를 근거로 하는 것이 원칙이고 추계는 그 서류로 소득금액을 계산할 수 없는 경우 등에 한합니다(소득세법 제80조 제3항, 부가가치세법 제57조 제2항). 기록 일부가 없다는 사정만으로 차액 전부가 매출로 확정되지는 않습니다.

상담에서 가장 자주 확인하게 되는 것은 매출 자체의 누락이 아니라 반품과 폐기의 기록이 남아 있지 않은 상황입니다. 차이를 설명할 서류가 없으면 설명 자체가 성립하지 않습니다.

– 대해회계사무소

수정신고 대상 세목은 어긋난 매출에 따라 달라집니다. 조제 매출은 면세이므로 누락되어도 부가가치세 납부세액에는 영향이 없으나 종합소득세 수입금액에는 반영됩니다. 일반의약품 판매의 누락은 두 세목 모두에 영향을 미칩니다.

해명자료 안내를 받은 뒤 수정신고하면 가산세가 감면되나요?

원칙적으로 감면되지 않습니다. 국세기본법 제48조 제2항은 수정신고는 경정할 것을, 기한후신고는 결정할 것을 미리 알고 신고한 경우를 감면 대상에서 제외합니다. 같은 법 시행령 제29조 제2호는 관할 세무서장의 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고서를 제출한 경우를 그 사유로 열거합니다. 안내문을 받지 않으셨더라도 세무공무원이 조사에 착수한 사실을 알고 제출하신 신고는 같은 조 제1호에 따라 제외됩니다.

감면 대상도 한정됩니다. 제48조 제2항 제1호는 수정신고에 대하여 과소신고·초과환급신고가산세(제47조의3)만을, 제2호는 기한후신고에 대하여 무신고가산세(제47조의2)만을 감면 대상으로 정합니다. 납부지연가산세와 현금영수증 미발급 가산세는 수정신고를 하셔도 감면되지 않습니다.

경과기간은 안내문을 받으신 날이 아니라 법정신고기한의 다음 날부터 계산하며 수정신고 감면은 2년, 기한후신고 감면은 6개월까지만 인정됩니다.

감면이 부인되면 과소신고가산세는 과소신고 납부세액의 10퍼센트(부정행위는 40퍼센트), 무신고가산세는 무신고납부세액의 20퍼센트(부정행위는 40퍼센트)가 그대로 적용됩니다. 복식부기의무자는 무신고가산세로 이 금액과 수입금액의 1만분의 7(부정행위는 1만분의 14) 중 큰 금액이 적용되므로 면세 수입금액이 큰 약국은 두 금액을 함께 계산해 보셔야 합니다. 부과제척기간은 일반 5년, 무신고 7년, 부정행위 10년이며 그 기산일은 거래일이 아니라 과세표준신고기한의 다음 날입니다.

해명자료 검토결과 안내 서식은 적힌 기한까지 수정신고나 추가 해명자료 제출이 없으면 검토 결과대로 부과될 수 있다고 고지합니다. 조사로 전환되면 사전통지는 조사 시작 20일 전(재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전)에 이루어집니다. 다만 국세기본법 제81조의7 제1항 단서는 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우를 예외로 둡니다. 20일의 준비 기간을 전제로 자료 정비를 미루실 것은 아닙니다.

이상을 점검 순서로 정리하면 다음과 같습니다.

약국 자료 불일치 점검 순서 정리

1번과 2번이 갖추어져야 3번 이후의 소명이 가능하므로 매출 구분과 매입 대사부터 확인하시기 바랍니다.

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

약국도 성실신고확인 대상이 되나요?

의약품 및 의료용품 소매업은 도매 및 소매업에 속하므로, 해당 과세기간 수입금액 합계가 15억원 이상이면 성실신고확인서를 제출하여야 합니다. 약국을 서비스업으로 보아 낮은 기준을 적용하시는 경우가 실무에서 드물지 않으므로 업종 분류부터 확인하시기 바랍니다.

부가가치세 신고를 했으면 사업장 현황신고는 하지 않아도 되나요?

사업장 현황신고 기한은 다음 연도 2월 10일이나, 부가가치세법에 따른 사업자가 부가가치세 신고를 한 경우에는 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다. 과세사업과 면세사업을 겸영하시면서 면세사업 수입금액을 함께 신고하신 경우에도 같습니다.

약국의 장부와 증빙은 몇 년간 보관해야 하나요?

해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 하며, 역외거래가 있는 경우에는 7년입니다. 반품확인서·폐기기록·재고실사표도 이 보존 대상에 포함되므로, 결산이 끝났다고 하여 폐기하지 않으시기를 권합니다.

도매처가 보고한 공급내역을 약국이 직접 확인할 수 있나요?

공급내역은 공급받은 자의 사업자등록번호와 요양기관기호, 표준코드, 공급일자, 공급수량, 공급금액 단위로 기록됩니다. 약국에서는 도매처 거래명세서와 결제 내역을 품목코드 기준으로 대조해 두시는 방법이 실무적으로 안전합니다.

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