- 2026.2.4.
- 경정청구,세무조사대응
받으신 서류가 무엇인지에 따라 남은 기간이 달라집니다. 불공제 사유도 항목 이름만으로 정해지지 않습니다
매입세액을 공제받지 못한다는 통보를 받으셨다면, 가장 먼저 확인하실 것은 서류에 적힌 날짜와 서류의 종류입니다. 세무조사 결과통지나 과세예고통지처럼 처분 전 단계의 서류이면 남은 기간이 30일이고 이미 이루어진 경정·고지 처분이면 90일입니다.
이번 글에서는 부가가치세 고지를 받으신 사업자께서 확인하실 사항을 다섯 가지 질문으로 정리했습니다.
매입세액 불공제 통보를 받으면 경정청구로 다툴 수 있나요?
처분 자체를 다투는 것은 불복의 영역입니다. 다만 두 절차가 서로를 배제하지는 않습니다. 경정청구는 스스로 신고한 세액이 과다한 경우에 쓰는 절차이므로 세무조사 이후 고지서를 받으신 경우라면 불복이 기본입니다.
다만 세법은 결정·경정으로 증가된 세액에 대해서도 경정청구를 허용합니다(국세기본법 제45조의2 제1항 단서). 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내이면서 법정신고기한 후 5년 이내여야 합니다. 신고하면서 스스로 공제하지 않았던 다른 매입세액이 있다면 그 부분은 통상의 경정청구 대상이므로 처분을 다투는 경로와 누락분을 되찾는 경로를 함께 검토하실 수 있습니다. 경정청구의 일반 요건은 5년 지난 세금, 돌려받을 수 있을까에서 다룬 바 있습니다.
절차를 정했다면, 다음은 부인 사유가 다툴 만한 것인지의 문제입니다.
어떤 사유로 매입세액이 불공제되나요?
세금계산서 자체의 문제, 지출의 성격 문제, 사업 관련성 문제로 나뉩니다. 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우, 합계표를 제출하지 않은 경우가 세금계산서 자체의 문제입니다. 사업과 직접 관련 없는 지출, 개별소비세 과세대상 자동차의 구입·임차·유지 관련 지출, 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용, 면세사업·토지 관련 매입세액도 대표적입니다(부가가치세법 제39조).
사업자등록 신청 전의 매입세액도 원칙적으로 공제되지 않습니다. 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면 되살아나되 그 범위는 등록신청일부터 과세기간 기산일(1월 1일 또는 7월 1일)까지 역산한 기간에 한정되어 그 이전 분은 회복되지 않습니다.
가장 자주 문제가 되는 사실과 다른 세금계산서를 살펴보겠습니다.
사실과 다른 세금계산서라도 공제받을 수 있나요?
실제 거래의 주체가 아닌 자의 명의로 발급된 세금계산서는 물품과 대금이 오갔더라도 원칙적으로 사실과 다른 세금계산서에 해당합니다. 명의가 다른 사정을 알지 못하고 그에 과실이 없었던 경우에 한하여 예외적으로 공제가 인정됩니다. 판례는 이 예외를 좁게 인정해 왔고 과실이 없다는 점의 입증책임은 공제를 주장하는 사업자에게 있습니다.
거래 상대방의 사업자등록과 사업장을 확인했는지, 대금을 계좌로 지급했는지가 판단의 근거가 됩니다. 한편 불공제가 곧 부정행위로 평가되는 것은 아니므로 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세는 공제 문제와 나누어 다투시는 편이 실익이 큽니다.
기재 오류는 성격에 따라 다릅니다. 필요적 기재사항 일부가 착오로 잘못 적혔더라도 나머지 기재로 거래사실이 확인되면 공제됩니다. 반면 공급시기가 지난 뒤 발급받은 세금계산서는 그 과세기간 확정신고기한까지 받았거나 그 다음 날부터 1년 이내에 받고 수정신고서 등을 함께 제출하는 경우에만 공제되며 지연수취 가산세가 따릅니다. 1년을 넘기면 거래사실이 확인되어도 인정되지 않습니다.
불복은 언제까지 어떤 순서로 하나요?
처분이 있음을 안 날, 통지를 받으신 경우에는 그 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 하며 이 기간을 넘기면 내용과 무관하게 각하됩니다. 처분 전 단계인 세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받으셨다면 과세전적부심사의 기한이 30일이므로 이 사안에서 가장 먼저 도래하는 기한입니다.
절차는 선택할 수 있으나 제약이 있습니다. 이의신청을 먼저 하시거나 곧바로 심사·심판청구로 가실 수 있습니다. 다만 같은 처분에 심사청구와 심판청구를 중복 제기할 수는 없습니다. 감사원 심사청구를 선택하면 국세기본법상 불복 대상에서 제외되어 다른 경로가 닫히므로 첫 서면 전에 정하셔야 합니다.
행정소송을 제기하려면 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그 결정을 먼저 거쳐야 합니다. 이의신청만 거치고 낸 소송은 전심절차를 갖추지 못해 각하되므로 이의신청에서 결과를 얻지 못하셨다면 반드시 심사청구나 심판청구를 이어서 하셔야 합니다.
상담에서 가장 안타까운 경우는 내용이 아니라 날짜 때문에 다투지 못하게 된 사례입니다. 서류를 받으신 날짜를 먼저 확인하고 그 자리에서 남은 기간을 계산해 두시기 바랍니다.– 대해회계사무소
기산점에는 두 가지 예외가 있습니다. 결정기간이 지나도록 통지를 받지 못하셨다면 기다리지 않고 그 기간이 지난 날부터 다음 단계로 넘어가실 수 있습니다. 재결청이 재조사 결정을 한 경우에는 처분청이 재조사 후 한 후속 처분의 통지일부터 기간이 다시 기산됩니다.
불복에서 무엇을 준비해야 하나요?
거래가 실제로 있었다는 사실을 시간 순서대로 보여 주는 자료가 핵심입니다. 주장만으로는 판단이 바뀌지 않으며 자료가 서로 어긋나면 오히려 불리하게 작용합니다.
계약서와 발주서, 거래명세서, 운송장과 검수 기록, 대금 지급 내역, 담당자 연락 기록을 거래 건별로 묶어 정리하시기 바랍니다. 상대방의 사업자등록증과 사업장을 확인한 자료는 과실 없음을 뒷받침합니다. 세무조사 단계에서 낸 소명 자료와 내용이 달라지지 않도록 대응 이력도 관리하셔야 합니다.
대응 절차 판정 순서 정리
다음 순서로 확인하시기 바랍니다.
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 조사 결과통지·과세예고통지인가 | 30일 내 과세전적부심사 판단 | 2번으로 |
| 2 | 고지·경정 처분을 받았는가 | 90일 내 불복 검토 후 3번으로 | 3번으로 |
| 3 | 증액경정된 부분에 다툴 여지가 있는가 | 90일 내 경정청구 병행 검토 | 4번으로 |
| 4 | 신고 시 공제하지 않은 매입세액이 있는가 | 5년 내 경정청구 | 통지서 사유 재확인 |
2번 이후 단계는 서로 배타적이지 않으므로 함께 검토하실 수 있습니다. 기한이 걸린 사안이므로 판단이 모호한 경우에는 통지서를 받으신 즉시 검토를 받으시는 것이 안전합니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
