공동창업자가 떠날 때 주식값을 당사자끼리 정해도 세법은 시가로 봅니다

• 2026.2.1.
• 스타트업 세무

싸게 넘기면 파는 쪽과 받는 쪽 모두 과세 대상이 될 수 있습니다. 신고 기한은 반기마다 돌아옵니다

공동창업자가 회사를 떠나면서 지분을 정리할 때 가장 자주 발생하는 문제는 액면가나 임의로 정한 금액으로 주식을 넘기는 것입니다. 세법은 시가를 기준으로 판단하므로 당사자가 합의한 가격이 그대로 인정되지 않는 경우가 있습니다.

이번 글에서는 지분 재편을 앞두신 대표님께서 검토하실 사항을 다섯 가지 질문으로 정리했습니다.

공동창업자 지분을 액면가로 넘겨도 되나요?

당사자 사이에서는 가능하지만 세무상으로는 시가를 기준으로 다시 계산될 수 있습니다. 설립 초기에 액면가로 인수한 주식이라도 이익이 쌓이거나 투자를 유치한 뒤에는 주당 가치가 액면가를 크게 넘어섭니다.

이때 세법은 양도인에게 시가로 양도한 것으로 보아 양도차익을 다시 계산합니다. 저렴하게 취득한 양수인에게는 그 차액만큼 이익이 이전된 것으로 봅니다.

주의하실 점은 두 규정의 특수관계인 범위가 다르다는 것입니다. 양도소득세는 소득세법 시행령 제98조가 준용하는 국세기본법상 범위를, 증여세는 상속세 및 증여세법 시행령 제2조의2의 범위를 따르므로 한 번의 판정으로 두 규정을 동시에 결론짓기 어렵습니다.

그렇다면 기준이 되는 시가는 어떻게 정해질까요.

비상장주식의 시가는 어떻게 평가하나요?

거래 사례가 있으면 그 가액을 우선하고 없으면 보충적 평가방법으로 계산합니다. 다만 거래 사례가 있다고 하여 곧바로 시가가 되지는 않습니다. 특수관계인과의 거래 등으로 객관적으로 부당하다고 인정되면 제외됩니다. 거래 규모가 액면가액 기준 발행주식총액의 100분의 1과 3억원 중 적은 금액에 미달해도 시가로 보지 않습니다(상속세 및 증여세법 시행령 제49조). 창업 초기에 소량으로 오간 거래가는 이 요건을 충족하지 못하는 경우가 많습니다.

보충적 평가방법은 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하는 것이 원칙이나 사업개시 후 3년이 지나지 않은 법인과 휴업·폐업 중인 법인은 순자산가치만으로 평가합니다(같은 법 시행령 제54조). 또한 가중평균액이 1주당 순자산가치의 100분의 80에 미달하면 그 100분의 80을 평가액으로 하므로 누적 결손이 있어도 평가액이 그 아래로 내려가지 않습니다. 한편 최대주주와 그 특수관계인의 주식은 평가액에 100분의 20을 가산하되, 중소기업과 중견기업 발행 주식은 제외됩니다(같은 법 제63조 제3항).

평가액이 정해지면 그와 다른 금액으로 거래했을 때의 결과가 남습니다.

시가와 다른 금액으로 양도하면 어떤 세금이 추가되나요?

양도인에게는 양도가액을 시가로 보아 양도소득세가 다시 계산됩니다. 양수인에게는 이익을 얻은 부분에 증여세가 과세될 수 있습니다. 다만 두 규정은 문턱이 달라 한쪽만 적용되기도 합니다.

부당행위계산은 특수관계인 사이에서 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때 적용됩니다(소득세법 시행령 제167조). 저가 양수에 따른 증여는 차액이 시가의 100분의 30과 3억원 중 적은 금액 이상일 때 문제되며 증여재산가액에서도 같은 금액을 차감합니다(상속세 및 증여세법 제35조). 따라서 양도인만 소득금액이 재계산되는 구간이 존재하고 특수관계인이 아니면 증여 규정만 검토 대상이 됩니다.

반대 방향도 보셔야 합니다. 시가를 넘는 고가 양수도 같은 조문의 적용을 받아 증여세는 양도인에게, 취득가액 부인은 양수인에게 문제됩니다. 과세된 증여세액은 이후 양도 시 취득가액에 가산됩니다.

정상적인 가격으로 거래하는 경우의 세금도 확인해 두셔야 합니다.

주식 양도소득세는 언제 얼마나 내나요?

세율은 회사가 중소기업인지, 양도인이 대주주인지, 대주주라면 보유기간이 1년에 미치는지에 따라 갈립니다. 대주주가 아닌 자의 중소기업 주식은 100분의 10, 대주주는 과세표준 3억원 이하분에 100분의 20, 초과분에 100분의 25가 적용됩니다(소득세법 제104조).

대주주 여부는 양도일이 아니라 직전 사업연도 종료일을 기준으로 판정하되, 그 뒤 취득으로 기준을 넘으면 취득일부터 대주주로 봅니다. 비상장법인은 지분율 100분의 4 이상이거나 시가총액 10억원 이상이면 해당하므로 공동창업자는 대부분 여기에 들어갑니다.

신고는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 예정신고로 합니다. 상반기분은 8월 31일, 하반기분은 다음 해 2월 말일까지입니다. 예정신고를 마쳤다면 원칙적으로 확정신고는 하지 않아도 되나 같은 해에 누진세율 적용 주식을 두 차례 이상 양도하고 합산 신고하지 않았다면 필요합니다. 취득가액 입증 자료가 없으면 차익이 크게 계산되므로 주금 납입 증빙을 보관하셔야 합니다. 투자 실사 전에 정리할 항목은 대표에게 나간 회사 돈의 처리에서 함께 다루었습니다.

계약서에는 무엇을 남겨 두어야 하나요?

평가 근거, 대금의 실제 지급 사실, 세금 부담의 귀속을 명시해 두셔야 합니다. 세무상 다툼은 금액보다 그 금액을 어떻게 정했는지 설명하지 못해 생깁니다.

지분 정리 상담에서 가장 먼저 확인하는 것은 계좌 이체 내역입니다. 계약서에 금액이 적혀 있어도 대금이 오가지 않았다면, 과세관청은 그 거래를 양도가 아닌 것으로 볼 여지를 갖게 됩니다.

– 대해회계사무소

평가액 계산서와 근거 재무제표를 계약서에 첨부하고 대금은 계좌로 지급해 기록을 남기시기 바랍니다. 다만 증빙 부족은 신고 기한을 늦추는 사유가 되지 않으므로 자료를 보완하는 동안에도 예정신고와 증권거래세 신고 기한은 그대로 진행됩니다.

지분 정리 전 확인 순서 정리

다음 순서로 점검하시기 바랍니다.

위 기준은 판정을 위해 단순화한 것입니다. 판단이 모호한 항목이 있다면 계약 체결 전에 검토를 받으시는 것이 가장 경제적입니다.

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

퇴사하는 창업자의 주식을 회사가 직접 사면 더 간단하지 않나요?

법인의 자기주식 취득은 상법상 재원과 절차의 제한을 받고, 세무상 취급도 취득 목적에 따라 처음부터 갈립니다. 소각이나 자본 감소를 목적으로 하면 의제배당으로 보아 배당소득으로 종합과세되고, 일시 보유 후 처분할 목적이면 양도로 보아 양도소득세가 적용됩니다. 누진세율이 적용되는 만큼 두 경우의 부담 차이가 큽니다.

주식을 넘길 때 증권거래세도 내야 하나요?

비상장주식의 양도에는 양도가액의 1만분의 35에 해당하는 증권거래세가 부과되며, 양도소득세와 별개로 신고·납부합니다(증권거래세법 제8조). 다만 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것으로 인정되면 그 시가액이 과세표준이 됩니다. 차익이 아니라 주권의 유상 이전에 부과되므로 양도차손이 난 거래에도 납부 의무가 있습니다.

스톡옵션을 행사해 받은 주식도 같은 기준으로 평가하나요?

양도 단계의 평가 기준은 동일하나, 취득가액은 행사 시점의 과세 방식에 따라 달라집니다. 행사이익이 근로소득으로 과세되었다면 그 금액이 반영되고, 벤처기업 주식매수선택권의 과세특례를 적용받아 행사 시점에 과세하지 않은 경우에는 기준 자체가 달라집니다. 부여계약서와 특례 적용 여부를 함께 확인하셔야 합니다.

가족에게 지분을 나누어 두면 나중에 문제가 되나요?

실제 대금 지급 없이 명의만 이전하면 명의신탁으로 보아 증여세가 문제될 수 있습니다. 다만 증여의제는 조세를 회피할 목적이 있었을 것을 요건으로 하며, 현행법에서는 명의를 빌려준 사람이 아니라 실제 소유자가 증여세를 부담합니다. 취득자금의 출처를 소명하지 못하면 증여로 추정될 수 있으므로 대금 흐름을 남겨 두셔야 합니다.

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