- 2026.1.31.
- 병원,약국 세무
재고와 시설을 권리금에 묶으면 전액이 영업권 대가가 될 수 있습니다. 직원 퇴직금은 승계 조건에서 갈립니다
병의원을 넘기거나 접는 과정에서 세금이 가장 크게 갈리는 지점은 권리금을 어떤 소득으로 보는지, 그리고 각 신고를 언제까지 하는지입니다. 폐업·양수도는 여러 세목이 한 번에 마감되므로 계약 조건을 정하는 단계에서 세무 처리를 함께 정해 두어야 합니다.
이번 글에서는 은퇴나 이전을 준비하시는 원장님께서 문의하시는 순서대로 다섯 가지 질문으로 정리했습니다.
권리금을 받으면 어떤 세금이 붙나요?
대체로 기타소득으로 과세되며 토지·건물 또는 부동산에 관한 권리와 함께 양도하는 경우에만 양도소득으로 분류됩니다. 임차한 사업장에서 시설과 영업권만 넘기는 통상적인 병의원 양수도에서는 권리금이 기타소득에 해당합니다. 의료장비나 인테리어를 함께 넘기더라도 그것만으로는 소득 구분이 달라지지 않습니다. 건물이나 토지를 함께 양도하는 때 또는 전세권·등기된 부동산임차권을 영업권과 함께 넘기는 때에만 양도소득으로 넘어갑니다(소득세법 제94조 제1항 제4호 가목).
기타소득으로 분류되면 실제 필요경비가 확인되지 않더라도 받은 금액의 60퍼센트를 인정받습니다(소득세법 시행령 제87조 제1호의2). 이 비율은 하한이므로 실제 지출이 이를 넘으면 초과분까지 산입할 수 있어, 개원 당시 권리금을 지급하셨다면 그 근거를 정리해 두시는 것이 좋습니다.
대가를 지급하는 양수인은 기타소득금액의 20퍼센트를 원천징수하며 지방소득세를 포함하면 지급액 기준 8.8퍼센트가 됩니다. 불이행의 제재는 양도인이 아니라 양수인에게 미치므로 잔금 지급과 원천징수 일정을 함께 정해 두시기 바랍니다. 원천징수로 종결되지 않고 다음 해 종합소득세에 합산된다는 점도 함께 고려하셔야 합니다.
권리금의 성격이 정해지면, 다음은 대금 전체에 부가가치세가 붙는지의 문제입니다.
양수도 대금에 부가가치세가 붙나요?
면세 진료만 하셨다면 자산을 넘겨도 부가가치세가 붙지 않습니다. 다만 비급여 등 과세사업을 겸영하셨다면 양수도와 폐업 양쪽에서 확인하셔야 합니다. 겸영하신 경우 확인할 국면은 자산 양도가 재화의 공급인지, 폐업 시 남은 재화에 과세되는지, 확정신고 기한이 언제인지 세 가지입니다.
과세사업분이 있더라도 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키면 재화의 공급으로 보지 않습니다(부가가치세법 제10조 제9항 제2호). 요건이 불분명한 상태에서 세금계산서를 발급하지 않았다가 과세로 정리되면 양도인이, 반대로 포괄양도인데 발급하면 양수인이 매입세액을 추징당합니다. 어느 쪽으로 틀려도 부담 주체만 달라지므로 판단이 서지 않으면 양수인이 대가 지급 시 부가가치세를 대리납부하는 방법을 검토하시기 바랍니다(부가가치세법 제52조 제4항). 비급여 진료의 과세 범위는 과세와 면세를 가르는 기준에서 다룬 바 있습니다.
자산의 범위가 정리되면, 실무에서 가장 자주 누락되는 항목이 남아 있습니다.
남은 의약품과 재료 재고는 어떻게 처리하나요?
양수인에게 유상으로 넘기면 그 대가가 양도인의 수입금액에 포함됩니다. 넘기지 않고 폐기하면 폐기 사실을 입증할 자료를 갖추어야 합니다. 재고는 금액이 작다는 이유로 계약서에서 빠지기 쉬우나 대가의 일부인지가 분명해야 합니다.
폐기하는 경우에는 폐기 목록과 폐기물 처리 확인서로 사실관계를 남겨 두시기 바랍니다. 다만 매입세액을 공제받은 재료나 장비가 폐업 시점에 남아 있으면 폐업할 때 자기에게 공급한 것으로 보아 부가가치세가 과세됩니다(부가가치세법 제10조 제6항). 이 경우에는 면세 진료에만 사용한 재고와 나누어 정리하셔야 합니다. 다음은 사람에 관한 정산입니다.
직원 퇴직금과 인수인계 인건비는 누가 부담하나요?
영업이 포괄적으로 양도되면 근로관계는 원칙적으로 양수인에게 승계되며 일부 직원을 승계에서 제외하는 약정은 실질적으로 해고에 해당하여 별도의 정당한 이유가 필요합니다. 근속기간을 이어받는 조건이라면 퇴직급여 지급 의무도 함께 넘어가므로 그 부담만큼 양수도 대금에서 조정하는 것이 일반적입니다. 승계하지 않고 정산하시려면 근로자의 동의와 퇴직 처리 절차를 먼저 갖추셔야 하고 이때 지급한 퇴직급여는 양도인의 비용이 됩니다. 근속기간은 승계하면서 퇴직금만 미리 정산하는 방식은 법정 중간정산 사유가 아니면 효력이 없습니다.
양수도 상담에서 가장 늦게까지 정리되지 않는 항목이 직원 승계입니다. 계약서에 근속기간 승계 여부와 정산 기준일을 적어 두지 않으면, 퇴직금을 누가 얼마나 부담하는지가 폐업 신고 직전에야 문제로 떠오릅니다.– 대해회계사무소
인수인계 기간의 인건비도 기준일로 나누어 계상하고 4대보험 상실 신고 시점과 맞추셔야 합니다. 이제 신고 기한이 남았습니다.
폐업 신고는 언제까지 해야 하나요?
폐업 사실이 확정되면 지체 없이 폐업 신고를 하고 세목별 기한에 각각 신고해야 합니다. 면세 진료만 하셨다면 부가가치세 확정신고 대신 사업장현황신고를 하며 기한은 폐업하셨더라도 다음 해 2월 10일로 같습니다(소득세법 제78조 제1항). 반면 과세사업을 겸영하셨다면 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 부가가치세 확정신고를 하셔야 하므로 폐업 직후 가장 먼저 닥치는 기한은 이쪽입니다(부가가치세법 제49조 제1항).
종합소득세는 폐업한 해의 소득에 대해 다음 해 5월에 신고합니다. 다만 수입금액이 5억원 이상인 병의원은 성실신고확인 대상이 되어 기한이 6월 30일까지이고 확인서를 함께 제출해야 하므로 폐업일까지의 수입금액을 먼저 집계해 대상 여부부터 확정하시기 바랍니다. 감가상각자산 잔액과 미회수 진료비 채권, 보증금 반환분도 함께 확인하셔야 합니다. 의료기관 개설 폐업 신고는 세무 신고와 별개입니다.
양도 전 확인 순서 정리
계약서 초안을 앞에 두고 다음 순서로 점검하시기 바랍니다.
| 순서 | 확인할 질문 | 해당하는 경우 | 해당하지 않는 경우 |
|---|---|---|---|
| 1 | 토지·건물·전세권을 함께 양도하는가 | 양도소득으로 검토 후 2번 | 기타소득으로 검토 후 2번 |
| 2 | 비급여 등 과세사업을 겸영했는가 | 포괄양수도·잔존재화 확인 | 3번으로 |
| 3 | 재고·시설·영업권이 구분되어 있는가 | 항목별 대가 확정 | 계약서 항목 분리 |
각 단계는 앞 단계의 결론과 무관하게 모두 거치셔야 합니다. 판단이 모호하면 계약 체결 전에 검토를 받으시는 것이 경제적입니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
