- 2026.1.23.
- 경정청구,세무조사대응
계산이 틀렸는지 사정이 바뀌었는지에 따라 기한이 달라집니다. 결산에 넣지 않은 항목은 대상에서 빠집니다
법인세 경정청구가 인정되는 사유는 신고 당시의 오류와 신고 후의 사정 변경으로 나뉩니다. 어느 쪽이든 신고한 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과했다는 사실이 확인되어야 합니다.
이번 글에서는 지난 사업연도의 과다납부를 확인하려는 법인 실무자께서 문의하시는 내용을 여섯 가지 질문으로 정리했습니다.
법인세 경정청구는 어떤 경우에 인정되나요?
신고서에 적은 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 금액을 초과할 때 인정됩니다. 기준은 납부한 세액의 크기가 아니라 정답 세액과의 차이입니다. 결손금액이나 세액공제액을 적게 신고한 경우도 같은 조항에 들어 있어 결손법인도 결손금을 늘리는 청구를 할 수 있습니다.
자주 나오는 유형은 세액공제·감면 누락, 기업업무추진비나 감가상각 한도의 계산 착오, 업무무관 가지급금 인정이자의 과다계상, 세무조정 항목의 오류입니다.
세액공제 누락은 회수 수단이 제한됩니다. 이월공제는 납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달해 공제받지 못한 부분에만 적용되므로 세액을 내면서 공제만 빠뜨렸다면 5년 내 경정청구로만 회수할 수 있습니다.
남는 문제는 그 사유를 언제까지 주장할 수 있는지입니다.
경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
통상적 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내입니다. 증액경정을 받은 경우에는 그 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에도 청구할 수 있습니다. 다만 이 청구는 결정이나 경정으로 증가된 과세표준과 세액에 대해서만 가능하며 그것도 법정신고기한 후 5년 이내로 한정됩니다.
청구권자에도 차이가 있습니다. 기한후과세표준신고서를 낸 법인은 통상적 경정청구를 할 수 있지만 후발적 경정청구의 청구권자는 법정신고기한까지 신고서를 제출한 자 또는 결정을 받은 자로 규정되어 있습니다.
신고 시점에는 문제가 없었던 경우를 확인하겠습니다.
신고한 뒤에 사정이 바뀐 경우에도 청구할 수 있나요?
후발적 경정청구 사유에 해당하면 5년이 지난 뒤에도 청구할 수 있습니다. 다만 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내라는 기한이 붙습니다.
법은 판결로 거래나 행위가 다른 것으로 확정된 때, 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정·경정이 있을 때, 조세조약에 따른 상호합의가 최초 신고와 다르게 이루어진 때를 열거합니다. 시행령은 계약이 해제권의 행사나 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제·취소된 때 등을 더합니다.
법령이 정한 범위는 한정적입니다. 귀속 변경은 과세관청의 결정·경정이 있어야 하고 계약 해제도 해제권 행사나 부득이한 사유가 있어야 하므로 편의에 따른 합의해제는 사유가 아닙니다. 판결도 거래나 행위의 분쟁에 관한 것이어야 하므로 세법 해석이나 손금 귀속시기만 달리 본 판결은 사유가 아닙니다. 기업회계 관행에 따라 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감해 온 경상적·반복적 상품판매계약의 해제도 마찬가지입니다.
결정이나 경정으로 그 대상이 된 과세표준·세액과 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정)이나 같은 과세기간의 연동된 다른 세목에서 신고 세액이 초과하게 된 경우도 사유입니다.
경정청구 상담에서 가장 먼저 여쭙는 것은 그때 잘못 계산한 것인지 나중에 상황이 바뀐 것인지입니다. 이 구분에 따라 기한도 준비할 자료도 달라집니다. 두 갈래를 섞어 청구하면 심사 단계에서 사유가 흐려집니다.– 대해회계사무소
신고 당시 회사가 스스로 한 선택은 두 갈래에 모두 들어가지 않습니다.
신고 당시에 한 선택을 나중에 바꿀 수 있나요?
원칙적으로 바꿀 수 없습니다. 결산에 계상해야 손금이 되는 항목과 사전 신고를 요건으로 하는 선택은 경정청구의 대상에서 벗어납니다.
결산에 계상하지 않은 감가상각비가 대표적입니다. 결산을 확정할 때 손비로 계상한 금액만 상각범위액 안에서 손금이 되기 때문입니다. 다만 손금이 사라지지는 않습니다. 미상각잔액으로 남아 이후 상각이나 처분 시점에 손금이 되고 상각부인액도 이후 상각 여유가 생기면 손금으로 추인됩니다.
예외는 법인세를 면제·감면받아 상각이 강제되는 경우, 업무용승용차, 한국채택국제회계기준 적용 법인의 신고조정 특례입니다. 다만 강제상각 대상이라도 미상각액 전부가 손금이 되지는 않습니다. 업무용승용차는 업무전용자동차보험에 가입하지 않으면 관련비용 자체가 손금에 산입되지 않고 일부 기간만 가입하면 업무사용금액이 가입일수 비율만큼 줄어듭니다. 전체 기간 가입하더라도 감가상각비 중 차량별 연 800만원(부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 일정 요건에 해당하는 법인은 400만원) 초과분은 손금에서 빠져 이월됩니다.
재고자산 평가방법도 사후 변경이 어렵습니다. 변경신고는 적용하려는 사업연도의 종료일 이전 3개월이 되는 날까지 해야 하므로 12월 결산법인은 9월 30일이 기한입니다. 신고 없이 평가하면 선입선출법이 적용되고 임의로 다르게 평가하거나 기한 후에 바꾼 경우에는 신고한 방법에 의한 가액이 선입선출법보다 크면 신고한 방법에 따릅니다. 기한이 지나 변경신고를 해도 그다음 사업연도부터는 신고한 방법이 적용됩니다.
대손금은 시점을 놓치면 손금 자체가 사라질 수 있습니다.
대손금은 언제까지 손금으로 만들 수 있나요?
신고조정으로 처리하는 대손사유는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도로 귀속시기가 강제됩니다. 소멸시효 완성, 회생계획인가결정이나 법원 면책결정으로 회수불능이 확정된 채권이 여기에 들어갑니다. 그 사업연도의 경정청구 기간 5년을 넘기면 손금으로 만들 방법이 없어집니다. 반면 결산조정 대손사유는 이후 사업연도에 비용으로 계상하면 그 해 손금이 되므로 신고조정이 항상 유리하지는 않습니다.
귀속시기보다 먼저 확인할 사항이 있습니다. 채무보증으로 발생한 구상채권과 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금은 신고조정인지 결산조정인지를 따지기 전에 대손금 규정의 적용 대상에서 빠져 있습니다. 다만 공정거래법상 허용되는 채무보증이나 금융회사·신용보증사업 법인의 채무보증 등 시행령이 정한 것은 다시 제외되므로 그 구상채권은 대손금이 될 수 있습니다.
남는 걱정은 청구 자체가 조사로 이어지는지입니다.
경정청구를 하면 세무조사를 받게 되나요?
경정청구 처리를 위한 확인은 조사 범위를 그 항목에 한정한 부분조사로 규정되어 있습니다. 통합조사 원칙에도 불구하고 확인에 필요한 부분에 한정해 조사하도록 법이 설계한 유형입니다.
범위가 한정된다는 점은 실무에서 의미가 있습니다. 세무공무원은 조사에 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구해야 하고 조사대상 세목·과세기간의 계산과 관련 없는 자료는 요구할 수 없습니다. 청구 항목과 무관한 자료를 요구받으신 경우에는 그 요구가 어느 세목과 과세기간에 연결되는지 확인하시는 편이 좋습니다.
다만 부분조사도 세무조사입니다. 같은 세목·과세기간에 대한 재조사 횟수 제한이 이 유형에는 적용되지 않아 반복될 수 있고 부분조사를 받았다고 이후 통합조사가 배제되지도 않습니다.
청구 여부를 판단하는 순서를 정리합니다.
청구 전에 확인할 순서 정리
다음 순서로 점검하시면 청구 가능성을 먼저 걸러냅니다.
| 순서 | 스스로 물어볼 질문 | 예라면 | 아니오라면 |
|---|---|---|---|
| 1 | 신고 당시의 계산 오류인가 | 5년 내 통상 청구 | 후발적 사유 확인 |
| 2 | 사유를 안 지 3개월 넘었나 | 후발적 청구 불가 | 3개월 내 접수 |
| 3 | 결산에 계상할 항목인가 | 원칙상 청구 대상 아님(특례 확인) | 신고조정 사항이므로 5년 내 통상 청구 |
| 4 | 귀속시기가 강제되는 신고조정 대손사유인가 | 해당 연도 5년 확인 | 결산조정 사유와 적용제외 채권 확인 |
풀어 쓰면 다음과 같습니다.
위 기준은 판정을 위해 단순화한 것이므로 판단이 서지 않는 사안은 접수 전에 검토를 받으시는 편이 안전합니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
