- 2026.1.23.
- 경정청구,세무조사대응
돌려받을 수 있는 것과 이미 선택으로 굳어진 것의 경계
이미 낸 법인세를 돌려받으려면 신고한 세액이 세법대로 신고했어야 할 세액보다 많았다는 점이 드러나야 합니다. 사유는 크게 두 갈래이고, 그 밖에 "인정받기 어려운 유형"이 따로 있습니다. 이 경계를 먼저 잡아야 청구 여부를 판단할 수 있습니다.
기한부터 확인합니다
- 통상적 경정청구: 법정신고기한이 지난 후 5년 이내
- 증액경정을 받은 경우: 그 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내. 다만 증가된 과세표준과 세액에 대해서만 열리고, 그것도 법정신고기한 후 5년 이내로 한정됩니다
- 후발적 경정청구: 사유를 안 날부터 3개월 이내. 5년이 지난 뒤에도 가능합니다
증액경정을 받았다고 해서 신고 전체를 다시 다툴 수 있는 것은 아닙니다. 90일 창구는 늘어난 부분에만 열립니다. 반대로 후발적 사유는 5년이라는 벽을 넘지만, 3개월이 지나면 그것으로 끝입니다.
청구할 수 있는 사람에도 차이가 있습니다. 기한후과세표준신고서를 낸 법인은 통상적 경정청구를 할 수 있지만, 후발적 경정청구의 청구권자는 법정신고기한까지 신고서를 제출한 자 또는 결정을 받은 자로 규정되어 있습니다.
통상적 경정청구가 인정되는 유형
신고 당시부터 세법을 잘못 적용해 세액을 많이 낸 경우입니다. 법인세에서 자주 나오는 유형은 다음과 같습니다.
| 유형 | 내용 |
|---|---|
| 세액공제·감면 누락 | 요건을 갖췄는데 신고서에 반영하지 못한 경우 |
| 손금 계산 오류 | 기업업무추진비 한도, 감가상각 한도 계산 착오 |
| 익금 과다계상 | 업무무관 가지급금 인정이자를 과다하게 잡은 경우 |
| 세무조정 착오 | 조정 항목의 부호나 금액을 잘못 반영한 경우 |
세액공제 누락은 특히 회수 경로가 좁습니다. 이월공제는 납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달해 공제받지 못한 부분에만 적용됩니다. 세액을 충분히 내면서 공제만 빠뜨렸다면 이월공제 대상이 아니고, 5년 내 경정청구가 사실상 유일한 길입니다.
후발적 경정청구가 열리는 사유
신고할 때는 문제가 없었는데 나중에 과세의 전제가 뒤집힌 경우입니다. 법은 ① 판결로 거래나 행위가 다른 것으로 확정된 때, ② 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때, ③ 조세조약에 따른 상호합의가 최초 신고 내용과 다르게 이루어진 때를 들고, 시행령은 ④ 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 계약 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제·취소된 때 등을 더하고 있습니다.
문언을 그대로 읽어야 합니다. 귀속 변경은 과세관청의 결정·경정이 있어야 하고, 계약 해제도 해제권 행사나 부득이한 사유가 있어야 하므로 당사자가 편의로 합의해제한 경우는 원칙적으로 사유가 되지 않습니다. 여기서 말하는 판결도 거래나 행위에 분쟁이 생겨 그에 관한 판결로 다른 것이 확정된 경우를 뜻하므로, 사실관계는 그대로 둔 채 세법 해석이나 손금 귀속시기만 달리 본 판결은 후발적 사유가 되지 않습니다. 소송에서 이겼다는 사실만으로 창구가 열리지는 않습니다.
경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약의 해제처럼 기업회계 기준·관행에 따라 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 신고해 온 사정이 있다면, 그것도 후발적 경정청구 사유가 되지 않습니다. 반품이나 매출취소가 일상인 법인이 과거 사업연도를 다시 여는 근거로 삼기 어렵다는 뜻입니다.
결정이나 경정으로 인해 그 대상이 된 과세표준·세액과 **연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정)**의 신고 세액이 초과하게 된 경우도 사유입니다. 이 조항은 새로 생긴 것이 아니라 이전부터 있었고, 2022년 개정으로 같은 과세기간의 연동된 다른 세목이 추가되었습니다.
경정청구 상담에서 가장 먼저 여쭙는 것은 "그때 잘못 계산한 것인지, 나중에 상황이 바뀐 것인지"입니다. 이 구분에 따라 기한도 준비할 자료도 달라집니다. 두 갈래를 섞어 청구하면 심사에서 사유가 흐려집니다.– 대해회계사무소
인정받기 어려운 유형이 더 중요합니다
경정청구가 막히는 대표적인 경우는 신고 당시 회사가 스스로 한 선택을 나중에 바꾸려는 것입니다.
결산에 계상하지 않은 감가상각비가 그렇습니다. 감가상각은 원칙적으로 장부에 비용으로 계상해야 손금이 되므로, 적게 잡았다는 이유로 나중에 청구하기 어렵습니다. 다만 손금이 사라지는 것은 아닙니다. 미상각잔액으로 남아 이후 사업연도의 상각이나 처분 시점에 손금이 됩니다. 반대로 한도를 넘겨 계상한 부인액도 이후 상각 여유가 생기면 손금으로 인정되므로 역시 청구 대상이 아닙니다.
이 원칙에는 예외가 있습니다. 법인세를 면제·감면받아 상각이 강제되는 경우, 업무용승용차, 그리고 한국채택국제회계기준을 적용하는 법인의 신고조정 특례가 그것입니다.
업무용승용차는 강제상각 대상이지만 손금이 되는 범위가 따로 제한됩니다. 업무전용자동차보험에 전혀 가입하지 않은 법인은 관련비용 자체가 손금에 산입되지 않고, 사업연도 중 일부 기간만 가입했다면 업무사용금액이 가입일수 비율만큼으로 줄어듭니다. 전체 기간 가입한 경우에도 업무사용금액 중 감가상각비가 차량별로 연 800만원(부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 일정 요건에 해당하는 법인은 400만원)을 초과하는 부분은 그 사업연도의 손금에서 빠져 이월됩니다. 미상각분 전액이 곧바로 환급으로 이어지지는 않습니다.
재고자산 평가방법도 사후 변경이 어렵습니다. 변경신고는 변경한 방법을 적용하려는 사업연도의 종료일 이전 3개월이 되는 날까지 해야 하므로 12월 결산법인은 9월 30일이 기한이고, 이 날을 넘기면 그 사업연도에는 변경이 인정되지 않습니다. 다만 결과가 한 가지는 아닙니다. 신고 없이 평가한 경우에는 선입선출법이 적용되지만, 신고한 방법과 다르게 평가하거나 기한 내 변경신고 없이 바꾼 경우에는 신고한 방법에 의한 가액이 선입선출법보다 크면 신고한 방법에 따릅니다. 또 기한이 지나 변경신고를 하더라도 그다음 사업연도부터는 신고한 방법이 적용되므로 장래에 대한 정리는 가능합니다.
대손금은 방향이 반대일 수 있습니다
대손금은 사유에 따라 처리 방식이 갈리는데, 실무 인식과 반대인 부분이 있습니다.
소멸시효 완성처럼 신고조정으로 처리하는 대손사유는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도로 귀속시기가 강제됩니다. 그 사업연도의 경정청구 기간 5년을 넘기면 손금으로 만들 방법이 없어집니다. 반면 결산조정 대손사유는 이후 사업연도에 비용으로 계상하면 그 해 손금이 됩니다.
"신고조정이 유리하다"고 일반화하기 어려운 이유입니다. 소멸시효가 완성된 채권을 뒤늦게 아무 해에나 털어도 된다고 보면 손금 자체를 잃습니다.
그보다 앞서는 관문도 있습니다. 채무보증으로 발생한 구상채권과 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금은 신고조정인지 결산조정인지를 따지기 전에 대손금 규정의 적용 대상에서 빠져 있습니다. 다만 공정거래법상 허용되는 채무보증, 금융회사나 신용보증사업을 영위하는 법인의 채무보증, 건설사업자가 다른 건설사업자의 건설공사를 보증한 경우 등 시행령이 정한 채무보증은 이 제외 대상에서 다시 빠지므로 그 구상채권은 대손금이 될 수 있습니다. 그 밖의 경우에는 회수불능이 확인되더라도 대손금을 이유로 한 경정청구는 인용되지 않습니다.
추계와 기한후신고는 배제 범위가 다릅니다
조세특례제한법은 추계와 기한후신고에 각각 다른 제한을 둡니다. 추계를 하는 경우에는 일부 세액공제가 배제되고, 기한후신고를 이유로 배제되는 것은 감면입니다. 두 가지를 "조특 혜택이 배제된다"로 묶으면 기한후신고 법인이 받을 수 있는 세액공제까지 스스로 포기하게 됩니다.
경정청구와 세무조사의 관계
경정청구를 처리하기 위한 확인은 조사 범위를 한정한 부분조사로 규정되어 있습니다. 다만 안심할 근거로 삼기에는 단서가 있습니다. 부분조사도 세무조사이고, 같은 세목·과세기간에 대한 재조사 횟수 제한이 이 유형에는 적용되지 않아 반복될 수 있으며, 부분조사를 받았다고 해서 이후 통합조사가 배제되지도 않습니다.
청구서에는 경정 후의 과세표준과 세액, 그리고 청구 이유를 스스로 제시해야 합니다. 근거 자료를 갖추지 않은 청구는 심사 단계에서 보완 요구로 이어집니다.
실무 체크리스트
- 사유가 신고 당시의 오류인지 이후의 사정 변경인지 먼저 구분합니다
- 통상적 청구는 법정신고기한 후 5년, 후발적 청구는 사유를 안 날부터 3개월을 확인합니다
- 증액경정을 받았다면 90일 창구가 늘어난 부분에만 열린다는 점을 확인합니다
- 세액공제 누락은 이월공제 대상인지 경정청구 대상인지 구분합니다
- 결산조정 사항과 사후 선택 변경은 청구 대상에서 분리해 검토합니다
- 소멸시효가 완성된 채권은 해당 사업연도의 5년 기한을 먼저 확인합니다
- 청구 이유와 계산 근거를 문서로 정리해 함께 제출합니다
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
