- 2026.1.20.
- 스타트업 세무
연구소가 없어도 공제되는 항목이 남습니다. 빠뜨린 공제는 5년 안에 다툴 수 있습니다
연구·인력개발비 세액공제의 인건비로 넣을 수 있는 사람은 인정받은 기업부설연구소나 연구개발전담부서에 소속되어 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하면서 다른 업무를 겸하지 않는 직원입니다. R&D 세액공제는 금액이 큰 항목이라 부인되면 본세와 가산세가 함께 따라옵니다.
이번 글에서는 연구개발을 수행하는 스타트업에서 실제로 문의하시는 내용을 여섯 가지 질문으로 정리했습니다.
인건비 대상 직원은 어떻게 판정하나요?
소속·업무·전담 세 가지가 함께 맞아야 합니다. 셋 중 하나라도 어긋나면 그 사람의 급여는 대상이 아닙니다.
연구소 소속이어도 행정사무를 전담하는 직원과 연구 외의 업무를 겸한 직원은 제외되고 연구업무를 전담하지 않는 연구관리직원도 2016년 이후 명시적으로 제외됩니다.
연구소와 전담부서의 인정, 인정 취소, 연구전담요원의 자격 요건은 2026년 2월부터 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」과 그 하위 법령으로 이관됩니다. 조세특례제한법도 이 법을 인용하며 그 전까지는 종전 법률이 적용되므로 참고 자료의 기준 시점을 확인해야 합니다.
소속과 전담을 통과했더라도 임원은 배제 규정을 한 번 더 받습니다.
임원 급여는 지분 10% 이하면 넣을 수 있나요?
지분율만으로 정해지지 않습니다. 주주인 임원 가운데 다음에 해당하는 사람은 인건비에서 제외됩니다.
- 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하면 총발행주식의 10%를 초과해 소유하게 되는 사람
- 지배주주등, 그리고 총발행주식의 10%를 초과해 소유한 주주
- 위 10% 초과 주주의 특수관계인
지배주주등은 지분이 10% 이하여도 배제되고 10% 초과 주주의 특수관계인은 본인 지분이 없어도 배제됩니다. 지분은 주식매수선택권을 모두 행사한 것으로 가정해 판정합니다.
그 가정까지 반영해 지분이 10% 이하이고 지배주주등에도 특수관계인에도 해당하지 않는 임원은 이 배제 규정에 걸리지 않습니다. 다만 이 규정을 통과했더라도 인건비 대상 여부는 따로 판정합니다. 연구전담요원은 연구개발활동을 상시 전담하는 직원이므로 대표자·감사·비상임이사처럼 직무상 전담할 수 없는 사람은 등록될 수 없습니다. 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발 업무를 하는 경우만 예외입니다.
퇴직소득, 퇴직급여충당금, 퇴직연금 부담금은 금액 단위로 인건비에서 빠집니다.
대상자가 정해지면 다음 문제는 배제 사유가 연도 중에 생긴 경우입니다.
연도 중에 연구소를 인정받은 해는 공제를 포기해야 하나요?
신청일 이후 기간분은 공제 대상에 남습니다. 배제는 사람 단위가 아니라 기간 단위로 이루어지므로 제외 사유가 연도 중에 발생해도 1년치가 통째로 빠지지 않습니다.
사업연도 중에 주식을 취득해 10%를 넘게 된 경우 제외 사유가 생기기 전 기간의 인건비는 공제 대상에 남습니다. 연구소 인정도 같으며 기준일은 인정을 신청한 날이어서 신청일 이전 기간은 제외되고 그 이후 기간분은 일할로 계산합니다.
연도 중에 인정을 받으신 회사에서 내년부터 챙기겠다고 정리해 두신 경우를 종종 봅니다. 신청일 이후 기간은 일할로 공제 대상에 남습니다. 급여대장과 인정 신청서 접수일만 있으면 확인됩니다.– 대해회계사무소
연구소 인정 전 기간에도 남아 있는 항목이 있습니다.
연구소가 없으면 공제를 전혀 받을 수 없나요?
연구소나 전담부서 소속을 요구하는 것은 자체연구개발 인건비 항목입니다. 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 전담요원 인건비는 별도로 인정됩니다. 다음 항목은 자체 연구소가 없어도 대상입니다.
- 위탁 및 공동연구개발비
- 직무발명보상금
- 기술정보비·기술자문비
- 기술지도비
- 고유디자인개발비
- 인력개발비(위탁훈련비, 사내직업능력개발훈련비 등)
다만 위탁·공동연구개발비는 맡기는 상대방이 정해져 있습니다. 과학기술분야 국공립·정부출연연구기관, 국내외 비영리법인, 전문생산기술연구소, 기업이 설립한 연구기관, 인정받은 연구소·전담부서, 대학의 조교수 이상 과학기술분야 교수 등 시행령이 열거한 곳에 지급한 비용만 대상입니다. 일반 외주 개발업체나 프리랜서 용역비는 들어가지 않습니다.
지급처가 맞아도 과제가 연구개발로 인정되지 않으면 결과는 같습니다.
어떤 활동이 연구개발에서 제외되나요?
시행령이 연구개발의 범위에서 제외되는 활동을 열거합니다. 그중 스타트업에서 자주 문제가 되는 것은 두 가지입니다.
기존 제품·기술·서비스·설계·디자인과 동일성을 유지하는 범위에서의 단순한 보완·변형·개선 활동이 첫째입니다. 이미 상품화된 소프트웨어를 복제해 반복 제작하는 활동이 둘째입니다. 버전 업데이트나 고객사별 커스터마이징이 여기에 해당하는지는 과제 정의와 산출물 기록으로 갈립니다.
판정을 미리 확인하는 제도에도 한계가 있습니다.
사전심사를 받으면 가산세가 면제되나요?
사전심사는 과소신고가산세만 면제하고 경정청구는 법정신고기한 후 5년으로 제한됩니다. 신고 후 부인되더라도 과소신고가산세는 면제되지만 부정확한 서류를 제출했거나 사실관계의 변경·누락, 탈루 혐의가 있으면 면제되지 않습니다. 본세와 납부지연가산세는 그대로 부담합니다.
지난 신고에서 빠뜨린 공제는 경정청구로 다툴 수 있고 결손이어서 낼 세금이 없었던 해도 마찬가지입니다. 당초 신고서에 세액공제를 신청해 두지 않았다면 그 금액은 저절로 이월되지 않으므로 5년 안에 그 해 신고를 바로잡아야 이후 연도의 이월공제로 이어집니다.
마지막으로 인건비를 넣기 전에 확인할 순서를 정리합니다.
인건비 판정 순서 정리
급여대장을 앞에 두고 다음 순서로 점검하면 주요 부인 사유를 걸러낼 수 있습니다.
| 순서 | 스스로 물어볼 질문 | 예라면 | 아니오라면 |
|---|---|---|---|
| 1 | 전담부서에서 과제를 직접 수행·보조하며 겸직이 없는가 | 다음 질문으로 | 인건비에서 제외 |
| 2 | 주주인 임원 배제 3유형인가 | 해당 기간 인건비 제외 | 다음 질문으로 |
| 3 | 연도 중 인정·지분 변동이 있는가 | 기간별 일할 계산 | 연간 금액 그대로 |
| 4 | 지급처가 열거 연구기관인가 | 위탁연구개발비 산입 | 외주 용역비로 제외 |
| 5 | 단순 보완·개선 과제인가 | 공제 대상 아님 | 증빙 갖춰 신고 |
위 기준은 단순화한 것이므로 모호한 항목은 신고 전에 검토를 받으시는 편이 안전합니다.
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
