- 2026.1.20.
- 스타트업 세무
연구소 인정 시점과 임원 지분에서 갈리는 R&D 세액공제 인건비 산정
연구·인력개발비 세액공제에서 인건비로 넣을 수 있는 사람은 인정받은 기업부설연구소나 연구개발전담부서에 소속되어 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하면서 다른 업무를 겸하지 않는 직원입니다. 금액이 큰 항목이라 부인되면 타격도 큽니다. 어디서 갈리는지 요건과 예외를 함께 정리했습니다.
대상은 소속·업무·전담 세 가지로 정해집니다
인건비가 공제 대상이 되려면 세 조건이 함께 맞아야 합니다. 인정받은 연구소·전담부서에 소속되어 있어야 하고, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조해야 하며, 그 연구업무를 전담해야 합니다.
행정사무를 전담하는 직원은 연구소 소속이어도 빠지고, 연구 외의 업무를 함께 맡은 겸직자도 빠집니다. 국세청은 이 항목을 "연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람의 인건비"로 설명하고, 연구업무를 전담하지 않는 연구관리직원은 2016년 이후 명시적으로 제외하고 있습니다. 개발자가 고객 응대나 기획을 함께 맡는 경우가 많은 초기 스타트업에서 부인이 가장 자주 나오는 지점입니다.
연구소와 전담부서의 인정, 인정 취소, 연구전담요원의 자격 요건은 2026년 2월부터 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」과 그 하위 법령으로 이관됩니다. 조세특례제한법도 이 법을 인용합니다. 그 전까지는 종전 법률이 적용되므로, 시점에 따라 근거 조문이 달라진다는 점을 확인하고 참고 자료를 고르셔야 합니다.
임원 배제 기준은 지분 10%만이 아닙니다
주주인 임원 가운데 다음에 해당하면 인건비에서 제외됩니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 스톡옵션 포함 판정 | 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하면 총발행주식의 10%를 초과하게 되는 사람 |
| 지분 기준 | 지배주주등, 그리고 총발행주식의 10%를 초과해 소유한 주주 |
| 관계 기준 | 위 10% 초과 주주의 특수관계인 |
"지분 10% 초과"만 기억하면 반례가 생깁니다. 지배주주등은 지분이 10% 이하여도 배제되고, 10% 초과 주주의 특수관계인은 본인 지분이 없어도 배제됩니다.
반대로 지분이 10% 이하이고 지배주주등에도 특수관계인에도 해당하지 않는 임원이라면 이 배제 규정에는 걸리지 않습니다. 다만 두 가지를 함께 봐야 합니다. 지분은 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사한 것으로 가정해 판정하므로, 현재 지분이 10% 이하여도 스톡옵션을 합해 10%를 넘으면 배제됩니다. 그리고 이 규정을 통과해도 그것만으로 인건비 대상이 되지는 않습니다. 대표자·감사·비상임이사처럼 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람은 연구전담요원이 될 수 없고, 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발 관련 업무를 하는 경우만 예외로 열려 있습니다. 투자 유치로 지분이 희석된 대표이사가 특히 오해하기 쉬운 지점입니다.
금액 단위로 빠지는 항목도 있습니다. 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 퇴직연금 부담금은 인건비에 넣지 않습니다.
배제는 사람 단위가 아니라 기간 단위입니다
이 부분에서 판단이 가장 자주 뒤집힙니다. 제외 사유가 연도 중에 발생하면 그 사람의 1년치가 통째로 빠지는 것이 아닙니다.
연구전담요원이 사업연도 중에 주식을 취득해 10%를 넘게 된 경우, 제외 사유가 생기기 전 기간에 해당하는 인건비는 공제 대상에 남습니다.
같은 논리가 연구소 인정에도 적용됩니다. 여기서 기준일은 인정을 신청한 날입니다. 신청일 이전 기간의 인건비는 제외되지만, 신청일 이후 기간분은 일할로 계산해 넣을 수 있습니다. 신청서를 접수한 날과 인정 통보를 받은 날 사이의 몇 주도 신청일 이후이므로 빠지지 않습니다.
정리하면 "인정 신청일 이전 지출은 소급되지 않는다"는 맞지만, "인정받은 해는 통째로 못 받는다"는 틀립니다. 6월에 연구소를 신청한 회사가 그 해 공제를 포기할 이유가 없습니다.
연도 중에 인정을 받으신 회사에서 "올해는 어차피 안 되니 내년부터"라고 정리해 두신 경우를 종종 봅니다. 신청일 이후 기간은 일할로 살아 있습니다. 급여대장과 인정 신청서 접수일만 있으면 바로 확인됩니다.– 대해회계사무소
연구소가 없어도 공제되는 항목이 있습니다
연구소·전담부서 소속을 요구하는 것은 자체연구개발 인건비 항목입니다(연구개발서비스업을 영위하는 기업의 전담요원 인건비는 별도로 인정됩니다). 공제 대상은 그것만이 아닙니다.
- 위탁 및 공동연구개발비
- 직무발명보상금
- 기술정보비·기술자문비
- 기술지도비
- 고유디자인개발비
- 인력개발비(위탁훈련비, 사내직업능력개발훈련비 등)
이 항목들은 자체 연구소 보유를 요건으로 하지 않습니다. 다만 위탁·공동연구개발비는 맡기는 상대방이 정해져 있습니다. 과학기술분야 국공립연구기관·정부출연연구기관, 국내외 비영리법인, 전문생산기술연구소, 기업이 설립한 연구기관, 인정받은 연구소·전담부서, 대학의 조교수 이상 과학기술분야 교수 등 시행령이 열거한 곳에 지급한 비용만 대상이고, 일반 외주 개발업체나 프리랜서에게 지급한 용역비는 들어가지 않습니다.
이 요건을 먼저 확인했다면 연구소 인정 전 기간의 지출도 경정청구 대상이 될 수 있습니다. "연구소가 없던 해는 볼 것도 없다"고 넘기면 유효한 청구를 놓치지만, 반대로 외주비를 전부 위탁연구개발비로 넣으면 부인과 가산세로 돌아옵니다.
연구개발로 인정되지 않는 활동을 먼저 확인하세요
스타트업에서 부인되는 사례는 인건비 요건보다 활동의 성격에서 갈리는 경우가 많습니다. 조세특례제한법 시행령은 연구개발에서 제외되는 활동을 열거하는데, 그중 두 가지가 특히 자주 문제가 됩니다.
기존 제품·기술·서비스·설계·디자인과 동일성을 유지하는 범위에서의 단순한 보완·변형·개선 활동, 그리고 이미 상품화된 소프트웨어를 복제해 반복 제작하는 활동입니다. 버전 업데이트나 고객사별 커스터마이징이 여기에 해당하는지는 과제 정의와 산출물 기록으로 갈립니다. 연구노트와 과제계획서를 남겨 두는 이유가 이것입니다.
사전심사와 경정청구, 각각의 한계
국세청 사전심사를 받아 두면 신고 후 부인되더라도 과소신고가산세를 면제받을 수 있습니다. 다만 무조건은 아닙니다. 부정확한 서류를 제출했거나 사실관계의 변경·누락, 탈루 혐의가 있으면 제외됩니다. 그리고 면제되는 것은 과소신고가산세이고 본세와 납부지연가산세는 그대로 부담합니다.
지난 신고에서 빠뜨린 공제는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 다툴 수 있습니다.
공제를 빠뜨린 해에 납부할 세액이 있었다면 경정청구가 사실상 유일한 경로입니다. 결손이어서 낼 세금이 없었던 해도 마찬가지입니다. 당초 신고서에 세액공제를 신청해 두지 않았다면 그 금액이 저절로 이월되지 않으므로, 5년 안에 그 해 신고를 경정청구로 바로잡아 공제세액을 확정해 두어야 이후 연도의 이월공제로 이어집니다. "어차피 낼 세금이 없었으니 나중에 이월로 받으면 된다"고 두면 기한만 흘러갑니다.
실무 체크리스트
- 인정 신청서를 접수한 날(통보일이 아닙니다)을 확인하고 그 해 인건비를 신청일 기준으로 일할 계산합니다
- 임원별로 스톡옵션을 포함한 지분율, 지배주주등 해당 여부, 특수관계 여부를 표로 정리해 둡니다
- 위탁·공동연구개발비는 지급처가 시행령 열거 기관에 해당하는지 먼저 확인합니다
- 급여 항목에서 퇴직소득·퇴직급여충당금·퇴직연금 부담금을 분리합니다
- 겸직자와 행정사무 전담자의 업무 분장을 문서로 남깁니다
- 연구소가 없던 기간이라도 위탁·공동연구개발비, 직무발명보상금, 인력개발비 지출을 확인합니다
- 과제가 단순 보완·개선으로 분류되지 않도록 과제계획서와 연구노트를 관리합니다
본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.
