비급여 진료, 부가세는 어디까지 붙나

2026.8.5.
병원,약국 세무

비급여인데 면세, 치료인데 과세 — 통념이 자주 어긋나는 지점

병의원 진료용역의 부가가치세는 비급여인지와 법이 열거한 진료인지를 함께 보고 정해집니다. 흔히 쓰는 "미용 목적이면 과세, 치료 목적이면 면세"라는 설명은 실제 조문의 판정 방식과 다릅니다.

이 차이 때문에 실무에서 양쪽으로 어긋납니다. 비급여라서 부가세를 받았는데 사실은 면세였던 경우가 있고, 이름에 치료가 들어가 면세로 처리했는데 과세 대상이던 경우도 있습니다. 어디에서 갈리는지 정리했습니다.

판정은 두 가지를 함께 봅니다

법은 의사가 제공하는 진료용역을 원칙적으로 면세로 두되, 두 요건을 모두 충족할 때만 면세에서 빼냅니다.

건강보험 요양급여 대상에서 제외되는 것(비급여)일 것
시행령이 열거한 진료용역일 것

둘 중 하나만 해당하면 면세입니다. 여기서 통념이 어긋나는 두 방향이 생깁니다.

비급여인데 면세인 것들

비급여라고 해서 과세가 아닙니다. 열거되어 있지 않으면 면세입니다.

시력교정술(라식·라섹) — 비급여지만 열거 대상이 아닙니다
임플란트, 치아교정
도수치료
건강검진, 예방접종
비만 상태의 진단·상담과 투약

"비급여 매출 비중이 곧 과세 매출 비중"이라고 보고 신고하면 과다신고가 됩니다.

치료인데 과세인 것들

반대 방향도 있습니다. 이름에 치료가 들어가도 열거되어 있으면 과세입니다.

여드름 치료술
탈모치료술
색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술

명칭의 두 글자를 근거로 면세 처리하면 다툼이 생깁니다. 이 진료들이 면세가 되는 길은 하나뿐인데, 해당 건이 실제로 건강보험 급여로 인정·청구되어 첫 번째 요건을 충족하지 못하는 경우입니다. 그때는 진료기록과 청구내역으로 입증할 수 있어야 합니다.

같은 시술이라도 급여로 청구된 건과 비급여로 받은 건이 섞입니다. 그래서 부가세 과세표준은 진료 항목만 보고 잡을 수 없고, 급여·비급여 청구내역과 대사해야 맞습니다. 이 대사를 하지 않아 과세표준이 어긋나는 경우를 자주 봅니다.
– 대해회계사무소

과세로 넘어가는 것은 선택이 아닙니다

"우리 의원도 과세로 전환하는 게 유리할까요"라는 질문을 받습니다. 표현을 바로잡아 드립니다. 과세사업자 전환은 고르는 것이 아니라, 과세 대상 진료용역을 공급하면 그 시점에 생기는 의무입니다.

따라서 검토할 것은 유불리가 아니라 사실 확인입니다. 우리 의원이 하는 진료 중 열거된 항목이 있는지, 그 매출이 비급여로 발생하는지를 보는 것이 먼저입니다. 이미 과세 대상 매출이 있는데 면세사업자로만 신고해 왔다면 그 자체가 정리해야 할 사안입니다.

겸영이 되면 따라오는 것들

과세와 면세를 함께 하면 겸영사업자가 됩니다. 이때부터 달라지는 것이 몇 가지 있습니다.

매입세액은 세 갈래로 나뉩니다. 과세사업에 직접 귀속되는 것은 전액 공제, 면세사업에 직접 귀속되는 것은 공제 불가, 어느 쪽인지 구분되지 않는 것만 공통매입세액으로 안분합니다. 안분 기준은 매출 비율이 아니라 면세공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율입니다. 구분이 되는 것까지 안분하면 공제액이 줄어듭니다.

장비·인테리어 매입세액 공제만 보고 판단하지 마십시오. 공제를 받는 만큼 과세 매출에 세액이 붙고, 감가상각자산은 이후 과세기간에 면세 비율이 일정 폭 이상 변하면 재계산으로 되돌려 납부하게 됩니다. 한 번 공제받고 끝나는 구조가 아닙니다.

개원 초기에는 안분 기준이 다릅니다. 직전 과세기간의 공급가액이 없으므로 별도의 기준이 순서대로 적용됩니다. 이 시기 신고를 일반 기준으로 처리하면 어긋납니다.