우리 의원 진료비, 부가세 붙는 기준은 목적이 아닙니다

• 2026.1.13.
• 병원,약국 세무

라식은 비급여여도 면세입니다. 탈모치료술은 이름과 달리 과세 대상입니다

병의원 진료용역의 부가가치세는 비급여인지와 법이 열거한 진료인지를 함께 보고 정해집니다. 흔히 쓰는 "미용 목적이면 과세, 치료 목적이면 면세"라는 설명은 조문의 판정 방식과 다릅니다.

이 차이 때문에 실무가 양쪽으로 어긋납니다. 비급여라서 부가세를 받았는데 사실은 면세였던 경우가 있고 이름에 치료가 들어가 면세로 처리했는데 과세 대상이던 경우도 있습니다. 원장님께서 실제로 문의하시는 내용을 여섯 가지 질문으로 정리했습니다.

비급여 진료에는 모두 부가가치세가 붙나요?

모두 붙지는 않습니다. 법은 의사가 제공하는 진료용역을 원칙적으로 면세로 두고 두 요건을 모두 충족하는 진료만 면세에서 빼냅니다. 건강보험 요양급여 대상에서 제외되는 진료여야 하고 동시에 시행령이 열거한 진료용역이어야 합니다.

둘 중 하나만 해당하면 면세입니다. 목적은 이 두 요건 어디에도 들어 있지 않습니다. 그래서 목적으로 판정하면 통념이 양쪽으로 어긋납니다. 비급여인데 면세인 진료가 있고 이름에 치료가 들어가도 과세인 진료가 있습니다.

먼저 비급여인데 면세인 쪽부터 봅니다.

비급여인데 부가가치세가 붙지 않는 진료는 무엇인가요?

시행령에 열거되지 않은 진료는 비급여여도 면세입니다. 대표적으로 시력교정술(라식과 라섹), 임플란트와 치아교정, 도수치료, 건강검진과 예방접종, 비만 상태의 진단·상담과 투약이 여기에 들어갑니다. 비급여로 받는 금액이 크더라도 판정은 달라지지 않습니다.

이 항목들의 매출까지 과세로 계상하면 과세표준이 부풀려집니다. 부가가치세를 더 내는 데서 끝나지 않고 환자에게 받지 않아도 될 세액을 받은 상태가 됩니다.

반대 방향으로 어긋나는 경우도 있습니다.

진료 이름에 치료가 들어가면 면세인가요?

명칭은 판정 기준이 아닙니다. 여드름 치료술과 탈모치료술, 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술은 이름에 치료가 들어가지만 시행령에 열거되어 있어 과세됩니다. 명칭의 두 글자를 근거로 면세 처리하면 다툼이 생깁니다.

이 진료들이 면세가 되는 경우는 하나입니다. 해당 건이 실제로 건강보험 급여로 인정되어 청구되면 첫 번째 요건을 충족하지 못해 면세가 됩니다. 그때는 진료기록과 청구내역으로 입증할 수 있어야 합니다.

성형수술 부분의 열거는 「등 성형수술」이라는 형태여서 예시적으로 읽힙니다. 열거된 명칭과 글자가 다르다는 이유만으로 면세라고 단정하기 어렵습니다. 코에 필러를 주입하는 시술을 과세로 본 유권해석도 있습니다.

같은 시술이라도 급여로 청구된 건과 비급여로 받은 건이 섞입니다. 그래서 부가세 과세표준은 진료 항목만 보고 잡을 수 없고 급여·비급여 청구내역과 대사해야 맞습니다. 이 대사를 하지 않아 과세표준이 어긋나는 경우를 자주 봅니다.

– 대해회계사무소

판정을 마쳤다면 그다음은 신고 의무의 문제입니다.

과세사업자 전환은 선택할 수 있나요?

고르는 사안이 아닙니다. 과세 대상 진료용역을 공급하면 그 시점에 신고와 납부 의무가 생깁니다. 유불리를 따져 정하는 것이 아니라 우리 의원의 진료 항목이 과세 요건에 해당하는지를 확인하는 것이 먼저입니다.

따라서 검토 순서가 바뀝니다. 진료 항목 중 열거된 것이 있는지 보고 그 매출이 비급여로 발생하는지를 봅니다. 이미 과세 대상 매출이 있는데 면세사업자로만 신고해 왔다면 그 자체가 정리해야 할 사안입니다.

의무가 생기면 신고 방식 자체가 달라집니다.

과세와 면세를 함께 하면 무엇이 달라지나요?

겸영사업자가 되어 매입세액 처리와 신고 방식이 함께 달라집니다. 매입세액은 세 갈래로 나뉩니다. 과세사업에 직접 귀속되는 것은 전액 공제하고 면세사업에 직접 귀속되는 것은 공제하지 않으며 어느 쪽인지 구분되지 않는 것만 공통매입세액으로 안분합니다.

안분 기준은 매출 비율이 아니라 면세공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율입니다. 실지귀속이 구분되는 매입세액까지 안분에 넣으면 공제받을 수 있는 금액이 줄어듭니다.

장비와 인테리어의 매입세액 공제만 보고 판단하지 마십시오. 공제를 받는 만큼 과세 매출에 세액이 붙습니다. 감가상각자산은 이후 과세기간의 면세공급가액 비율(면적 기준으로 안분했다면 면세사용면적 비율)이 취득 당시 적용한 비율(이미 재계산했다면 마지막 재계산 때 적용한 비율)과 5퍼센트 이상 차이 나면 재계산으로 되돌려 납부하게 됩니다. 한 번 공제받고 끝나는 구조가 아닙니다.

신고 절차는 오히려 하나로 합쳐집니다. 부가가치세 신고서에 면세사업 수입금액을 함께 적으면 그 면세사업에 대해 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다.

개원 첫 해에 겹치는 신고 일정은 아래 글에서 다룹니다.

외국인 환자를 받는 의원이라면 확인할 항목이 하나 더 있습니다.

외국인 환자에게 받은 부가가치세는 환급되나요?

환급되지 않습니다. 미용성형 부가가치세를 외국인 환자에게 환급해 주던 특례는 2025년 12월 31일 공급분까지로 종료되었습니다. 연장 여부가 확정되기 전까지는 환급되지 않는다는 전제로 잡으셔야 합니다.

따라서 가격 안내와 정산 기준을 그 전제에 맞추어 다시 확인하셔야 합니다. 환급을 전제로 안내한 금액이 남아 있다면 그 부분부터 정리하시는 편이 안전합니다.

여기까지의 판정을 순서로 정리합니다.

신고 전 확인 순서 정리

진료 항목 목록과 급여·비급여 청구내역을 앞에 두고 다음 순서로 점검하면 주요 위험을 걸러낼 수 있습니다.

위 기준은 판정을 위해 단순화한 것입니다. 진료 항목의 성격이 모호하다면 신고 전에 검토를 받으시는 편이 안전합니다.

본 칼럼은 일반 정보 제공 목적이며, 구체적 사안은 전문가 상담을 권장합니다.

자주 묻는 질문

겸영사업자가 되면 사업장 현황신고를 따로 해야 하나요?

면세사업 수입금액을 빠뜨린 채 부가가치세만 신고하면 그 면세사업에 대해 신고한 것으로 보지 않습니다. 신고서에 그 항목이 채워졌는지 확인하시는 편이 안전합니다.

성형수술에 대한 과세는 언제부터 시행되었나요?

쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술은 2011년 7월 1일 이후 제공이 개시되는 분부터 과세로 전환되었습니다. 이후 확대된 항목은 2014년 2월 1일 이후 제공을 개시하는 분부터 적용됩니다. 그전에 제공을 개시한 진료까지 소급되지는 않습니다.

열거된 명칭과 정확히 같지 않은 새로운 시술은 어떻게 판단하나요?

판정이 갈릴 여지가 있는 시술은 매출 규모가 커지기 전에 사전 서면질의로 확인해 두는 편이 분쟁을 줄입니다. 회신을 받아 두면 이후의 신고와 소명을 그 회신에 맞출 수 있습니다.

같은 카테고리의 다른 칼럼

2026.3.1.

원장님, 입금되지 않은 12월 진료비도 진료한 해의 수입입니다

2026.2.23.

원장님이 리스로 들이신 장비는 경비 잡는 방법이 계약마다 다릅니다

2026.2.17.

함께 개원한 원장이 나누기로 한 비율은 약정대로 인정됩니다

2026.2.11.

원장님이 현금으로 받은 진료비, 요청 없어도 현금영수증 발급 대상입니다

2026.2.5.

약국에서 폐기한 의약품을 적어 두지 않으면 매출로 취급될 수 있습니다

병원,약국 세무 칼럼 전체 보기 ⟶